共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
为了甩掉跟踪的人，宋怀珍找到孝成表舅那里，说后天有时间要来听表舅的戏。
晚上吃饭的时候母亲告诉孝成自己在街上被人跟踪的事情，孝成决定回头问问阿贵，饭吃到一半只听到蓝蓝在屋子里大喊自己的名字。
孝成回到蓝蓝的面前，原来是蓝蓝是想让孝成给自己洗脚。蓝蓝装出一副要哭的样子，孝成只好去了。看儿子端水，母亲还以为是给自己洗的呢，原来孝成是给蓝蓝端的水。母亲觉得儿子给媳妇端洗脚水不好听，让张婶去端。可是蓝蓝一下子把张婶端的水给倒了。
阿贵回去之后在阿福面前显摆着今天是如何如何的厉害，孝成这个时候也回来了。骂两人不该整天呆在办公室里。孝成一说自己是来这里睡觉的，阿贵阿福就笑了。阿贵跟孝成说了今天在街上的事情，孝成让阿福明天多带几个人跟着阿贵。蓝蓝打来电话让孝成回去睡觉，蓝蓝跟孝成认着错让孝成回家，可是孝成还是没有回去。蓝蓝只好叫可心跟自己半夜出去散心。母亲担心蓝蓝的安全跟在蓝蓝的后面。王新民的人看孝成的母亲也出来了一路跟了过去。蓝蓝跟可心诉说着内心的苦楚。张婶打电话给孝成说母亲和蓝蓝都出去了，孝成立刻赶了回去。王新民派的人看宋与珍跟一个人说话，二话不说便把人家抓了起来。
孝成回去之，蓝蓝跟母亲也跟着都回去了。半夜孝成被恶噩梦给惊醒了，他又梦到了父亲被杀死的情景。母亲过来安慰着他，顺便让孝顾去跟蓝蓝说说半夜不要再出去了。
夜总会那边打来蓝蓝的朋友打电话说自己被人打了，蓝蓝便责任怪在母亲身上，孝成站出来说话让母亲跟媳妇不要再闹别扭了。早上阿贵又来孝成家，顺便在孝成家吃了点早饭。孝成说了昨晚的事情，王新民觉得这件事情是王新民的人干的。
看蓝蓝的柜子全是些高跟鞋，阿贵便那些鞋都给锯了。上街的时候王新民的人又跟上，阿贵让老太太进屋看戏，自己在外面收拾了那两个跟踪的人。屋子里宋怀珍跟钱还有张明英，李明恩见了个面，现在总算和同志们见面了。
待收拾的差不多的时候阿贵打电话让孝成过来了，孝成让他们把人带到党通局，自己也进去看戏了。蓝蓝打电话关心着她朋友的伤势。蓝蓝准备出门看自己的鞋全部被锯了，非常的生气。林孝成气冲冲的找到王新民，说派人跟踪的事情，王新民被抓个正着无话可说。得饶人处且饶人，林孝成也没有追究什么。
蓝蓝因为鞋的事情跟婆婆闹了别扭，回娘家去了。待林孝成走后王新民教训着那两人。最后决定从宋怀珍的表哥下手。林孝成回去之后看着那些鞋，母亲也觉得自己做得确实有点过分。蓝蓝回到家中把鞋子的事情跟父亲说了一遍，母亲跟林孝成也跟着来了。孝成的母亲跟蓝蓝的父亲镇邦聊到了两个孩子的事情。