共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
蓝蓝一直守在屋子外面念着父亲死前说的那句话。孝成刚走后便来了一个假冒的医生在杀了那个刺杀蔚司令的凶手。
现在大街上到处都说蔚司令是被共产党给杀了，就连蓝蓝也相信了，拿着报纸质问着母亲他们为什么要杀死了自己的父亲。两人因为这件事情闹翻了。
孝成看着报纸上所说的，他也不相信蔚司令是共产党所危害的，想要去查这件事情，可是站长根本就不给他机会，还问孝成蔚司令死前说了什么。孝成私下里让阿贵查了查杀死蔚司令的枪的来源，还让阿贵找个人去跟踪陈国栋站长。
现在保密局借蔚司令的死抓了很多共产党的人，现在组织上还没有拿到蔚镇邦手中的那个冷箭计划。无奈之下组织上只好启动另一个计划“眼镜蛇计划”。
这天陈国栋借着去祭拜蔚司令为由来到蔚司令的家中，跟蔚太太要冷箭计划的文件。蓝蓝看不过去打电话给父亲以前的部下，可是那些人根本就不听，无奈蓝蓝只好又打到孝成那里。在蔚司令的办公室的保险柜里并没有发现那份冷箭计划的文件，站长便让人四处搜查蔚司令的家。蓝蓝一气之下拿着枪指着站长，孝成过来了夺过蓝蓝手中的枪，站长这才带人走。
孝成准备带着蓝蓝不去台湾了去香港，可是蓝蓝不肯走，她一定要查出是谁杀死了父亲。孝成告诉母亲他准备把平安和蓝蓝送到香港去。
大家都来参加蔚司令的葬礼，孝成发誓要为蔚司令报仇。宋怀珍想去送送蓝蓝，可是蓝蓝已经走了，宋怀珍感到一阵的失望。在站长的逼迫下，被抓的那个共党跟站长供出了宋怀珍的身份，以及是谁负责破坏冷箭计划。
孝成刚准备送蓝蓝和平安离开，站长在后面就跟了上来。陈国栋用蓝蓝和平安的安全来要挟林孝成，还说出了宋怀珍的身份，让他去抓自己的母亲，这让林孝成左右为难。最后陈国栋用他母亲来跟孝成作交易，让宋怀珍交出那半份冷箭计划以及眼镜蛇是方便。
现在孝成不知该如何是好，孝成来到蔚司令的家中，看蔚太太正在清理东西，准备离开这里。孝成来到蔚司令的家中想起了蔚司令死前说过的一句话，突然灵光一现孝成似乎明白了什么，蔚司令家中的一副字画中找到了那半份冷箭计划。
孝成回去之后骗母亲说蓝蓝和平安已经上飞机了，现在孝成已经明白蔚司令的死并不是共产党所为的。为了弄清眼镜蛇是谁孝成决定欺骗母亲，打入到共产党之中。
孝成找到陈国栋让他保证自己妻儿的安全，如果能够保证妻儿的安全，孝成愿意把那半份冷箭计划交出去。