共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
一九四九年十一月，解放山城外围战斗打响，国军节节败退，毛人凤给陈国栋打来电话询问冷箭计划的情况，如果不能完成冷箭计划就让他就地潜伏地山城。陈国栋给林孝成打电话发出最后通牒，赵峰知道南坪电厂就是冷箭计划的核心，地下室里可能藏有他想要的人。
赵峰拿着通行证进了南坪电厂，陈国栋亲自指挥要破坏电厂的核心，但很难靠近。陈国栋要杀蔚蓝蓝和平安时发现突然断电，他急忙上去查看情况，赵峰趁机杀死地下室的看守并让蔚蓝蓝跟着自己走。林孝成找他妈问老方在什么地方，他还拿着枪指住自己的脑袋来威胁，蔚蓝蓝抱着孩子回到家中，外面传来报枪声，林孝成不放赵峰出去接他，赵峰腿被打伤，林孝成将他救下。
林孝成对于赵峰的帮忙表示感谢，宋怀珍建议林孝成带着蓝蓝和孩子先撤到解放区，她相信蓝蓝能带好孩子，林孝成和蓝蓝见到了老表舅，他不能放他们出城，林孝成留下蓝蓝和平安后返回山城。林孝成得知陈国栋带人去电厂执行冷箭计划，他不能看着陈国栋就这样毁了山城，还让手下回家里照顾家人。
林孝成来到二楼后看到了机器上的定时炸弹，进门后发现了陈国栋，陈国栋承认他父亲和义父都是他杀死的，林孝成想让他终止冷箭行动，但陈国栋执意不肯。陈国栋说出电厂后面就是大坝，电厂爆炸后大坝也会被炸开，他将定时炸弹绑在林孝成身上后离开。解放军开始攻城，国民党守军无心恋战瞬间溃败。宋怀珍带人先行到达电厂，她命人寻找炸弹保护电厂安全。
宋怀珍见到被绑着的林孝成，她打开那个盒子后不会操作，林孝成让她试一下黄色的线，线箭断后总引爆线的灯停了，她要试着解开林孝成身上的炸弹，试过之后成功了，林孝成身上的炸弹被解锁，宋怀珍为救林孝成替她挡了一枪被特务打死，他万分伤心。陈国栋在逃走途中汽车失灵，司机慌忙逃走，他看到熊局长的车后拦下来坐上去，熊局长说出他就是眼镜蛇，这让陈国栋起了一身冷汗，眼镜蛇将陈国栋正法。山城顺利解放，陈孝成、赵峰和老青舅还有蓝蓝抱着平安去坟前祭拜宋怀珍，平安被林孝成起名为林孝祖。