共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
晚上母亲交待孝成一定要好好待蓝蓝。还说让平安长大后一定要认祖归宗的。第二天早上母亲收拾完东西，吃过蓝蓝做的面条便走了，蓝蓝还把平安的照片给了母亲一张。
看孝成要送母亲走，站长立即开车追了上去，把林孝成的车给拦了下来。回去的时候宋怀珍跟站长坐在一个车上，站长不断的试探着宋怀珍。
孝成把站长不断的试探母亲的事情告诉了蔚司令，蔚司令也觉得把那个惊蛰挖出来是孝成唯一翻盘的机会。
早上母亲要去买菜被孝成给拦了下来，母亲觉得这是孝成在给自己关紧闭。组织告诉宋怀珍，国民党要进行毁城计划，让宋怀珍拿到毁城计划的名单。听到收音机里传来共产党建国的消息宋怀珍别提有多高兴了，全国都是一片欢呼声。
站长跟蔚司令商量着他们撤走之后毁城的计划，蔚司令并不愿意看着自己的家园毁在自己的手里。蓝蓝听到收音机里传来建国的消息就感到心烦，孝成也是非常的烦恼。
茶楼的同专打来电话告诉宋怀珍窃取冷箭行动的第一批人已经牺牲了，只好由自己出动了。这天孝成和母亲还有蔚司令一家人来到焦外野餐，宋怀珍趁机向蔚司令要冷箭行动的计划，并劝蔚司令不要去台湾，可是蔚司令全部都没有答应。
陈站长也一再叮嘱下属要把冷箭计划实施好。孝成也来了，站长只安排了一些不重要的任务给孝成做。阿贵和阿福以及其它的兄弟都来庆祝孝成的儿子生日，孝成把阿强叫到自己书房里安排着什么事情，宋怀珍把冷箭计划的行动交给了惊蛰，原来这个惊蛰就是阿福。
孝成也觉得共党会不惜一切的代价来破坏这个冷箭计划。阿贵差点发现了阿福的这个秘密。
孝成觉得可以利用这个冷箭计划来挖出这个惊蛰，站长也觉得这是一个机会。孝成想要从站长的人先排查，用冷箭机会作诱饵。
站长把阿贵和阿福都安排去潜伏了，孝成也觉得他们不合适，就连阿贵和阿福也知道了这个冷箭计划，孝成一再叮嘱他们不要到处乱说。
阿贵和阿福去求站长不要安排自己去潜伏，可是站长并不答应。阿福无意在小纪那里发现了冷箭计划的文件。 站长叫来阿贵和孝成让他们押送一份秘密文件。
阿福告诉阿贵安排自己去潜伏的文件就在小纪的手里，让阿贵去把小纪给引开，自己去悄悄的看看那份文件。晚上的时候阿福和阿贵悄悄来到小纪这里，阿贵找个理由把小纪给支开了，之后阿福便潜入到小纪的办公室里寻找着那个冷箭计划的文件。