共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成到蔚司令那里，一看母亲也在那里。蔚司令告诉孝成他们准备跟共产党联手除掉王新民，可是孝成不太愿意说自己需要好好的想想。
晚上回去之后母亲还在劝着孝成，可是孝成觉得如果跟共党合作就是违背了自己的信仰，在母亲的苦口婆心下孝成终于答应了。
早上孝成告诉母亲他有一个周密的计划，想要让共产党跟自己合作，母亲也答应了。蔚司令把王新民要的机票给他了。晚上的时候国民党的电台劫获了共产党故意发的电报。熊局长打电话给站长问他是否安排了王新民去台湾了，站长也感到有些奇怪，他也没有给王新民去台湾的机票。
孝成找到站长说共产党又重新启用了一个废弃多年的电台，电台里共产党说那个叫惊蛰的人去台湾的机票已经安排好了。站长立刻便想到了王新民的头上。
晚上王新民被共产党的人给抓去了，说他不可能得到特赦。让他交出潜伏人员的情报。王新民虽然搞不到潜伏人没的名单，但是他可以向共党说出国民党冷箭计划。
国民党的电台人员不断的监视那个废弃电台，孝成把监听的消息全都告诉了站长。孝成还在因为跟共党合作感到愧怍。陈站长故意说了一份假的冷箭计划的名单，之后王新民便想把这个假名单交给了共产党。
王新民一听自己的老婆把机票的事情告诉了熊局长的老婆，便感觉熊局长很可能已经知道机票的事情。
下午三点的时候王新民来到与共党交接的地点，站长和孝成已经悄悄的守在那里了。王新民被抓了个正着无话可说。共党的人也来了，双方展开了激战。王新民被逼到了死胡同里， 这个时候王新民才知道这个局是孝成设计的。王新民最后还是死在了孝成的枪下。
王新民的老婆也被孝成派人给盯死了，阿福悄悄的在王新怕床下放了些金条和文件。孝成回去之后总感觉对不起父亲，父亲死在共产党的手下，现在却又跟共产党合作，母亲尽量安慰着他。蓝蓝抱着平安回来了，看到蓝蓝回来了，孝成终于放下心了。
杨立波找到熊局长想找事情告诉熊局长。