共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成把得到的另外半份冷箭计划并给了宋怀珍的上级，现在组织算是彻底相信了孝成。赵峰那边也在安排手下的人准备着冷箭计划，有人送来了一份去台湾人员的名单，上面正好有孝成的名字，赵峰再想想之前孝成告诉自己说他不准备去台湾了，赵峰便觉得孝成投共是假的。
赵峰跑到家中告诉母亲，说孝成也是去台湾的人员之一，他所做的那些事情完全是骗得宋怀珍他们相信自己的。母亲还不相信赵峰所说的。
宋怀珍把赵峰告诉她的事情告诉了上级，上级也觉得孝成投诚是假的。吃饭的时候母亲故意骗孝成说眼镜蛇有点问题想要出城，让孝成给他弄个通行证。孝成也开始怀疑母亲是不是故意在试探自己的。
孝成让阿贵明天准备一辆车去接人，此人正是陈国栋想要的人。回去之后孝成跟母亲说了帮眼镜蛇撤离的方法，其实宋怀珍也怀疑孝成的投诚是假的。这天中午赵峰假冒眼镜蛇跟孝成见了个面，现在母亲也知道了孝成的投诚是假的啦。
赵峰把孝成带到母亲的面前，孝诚面对母亲无话可说。孝成把自己的苦衷告诉了赵峰和母亲。其实孝成所做的这一切无非是想让自己的家人过的正常。
孝成走在大街上像发了疯一样，阿贵尽量稳定着孝成的情绪。孝成为阿贵准备了一笔安家费，让他带着小纪赶快离开这里。阿福不在了，孝成也要离自己而去，兄弟一场阿贵觉得必须为孝成做些什么。
回去之后母亲苦口婆心的劝孝成能够跟自己站在一起，现在就连孝成自己也不知道该怎么办了。现在赵峰调到了所有人员全城寻找蓝蓝的下落。
阿贵格外打扮了一番还拿了一束花送给小纪，并把孝成给自己的安家费给了小纪，跟小纪说了一些绝绝的话，仿佛以后再也见不到小纪一样。走的时候阿贵是多么希望能够拉一拉小纪的手，小纪怎么也没有想到这是她最后一次见阿贵了。
阿贵来到陈国栋的办公室拿枪指着他，让他交出蓝蓝的下落。陈国栋趁阿贵一个不注意先开了枪，阿贵就这样走了，此时小纪还在闻着阿贵送自己的花。
小纪守在阿贵的尸体旁边，哭着求阿贵醒来拉自己的手，孝成也来了;小纪跟孝成说了些阿贵跟自己道别的话。 孝成让小纪出去了，对着曾经的好兄弟说着心里话。陈国栋拿着阿贵身上带的录音机进来了，故意说些讥讽孝成的话。孝成一怒之下拿枪指着陈国栋，外面的人冲了进来将孝成手中的枪给夺走了。