共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
一大早蓝蓝叫孝成吃饭，孝成又挑着毛病，不吃饭便出去了。林孝成跟弟兄在外面吃饭，王新民过来了，孝成质问着王新民怎么知道就断定吴洋就是共党。
回去之后孝成便派阿贵和阿福去盯紧牛师长。赵峰又找到牛师长只想知道牛师长到底是怎么想，赵峰明确自己的目的，他们就是想让牛师长投共还让他挟持蔚镇邦。可是牛师长很难答应去挟持蔚镇邦。从牛师长家中出来的时候赵峰便觉查到了自己被人跟踪，赵峰一直来到舞厅，那个人也跟到了舞厅。
阿福告诉孝成说王新民他们确实拿到了证据才下手。听说赵峰跟牛师长有见面，孝成便派人去抓赵峰，却扑了个空。看林孝成的母亲这几天没有来，牛太太心里还有点空落落的感觉。牛师长告诉母亲现在党国大势已去准备投共，话还没有说出口孝成便来了。
牛太太趁问孝成他母亲这几天怎么没来，话音刚落孝成的母亲也来了。林孝成跟牛师长说起赵峰找他的事情;那边牛太太把孝成叫出来说他不该把母亲轰出家门，吵着要替宋怀珍讨个公道。
牛太太拉母亲气冲冲找到蓝蓝问她为什么把母亲给轰出去，牛太太不听蓝蓝的解释便教训了蓝蓝一番，让她向婆婆道个歉。蓝蓝的父亲也来了，也让蓝蓝跟母亲道个歉，蓝蓝哭着回自己房间去了。镇邦跟孝成说了他最近盯着牛师长的事情，还有吴参谋长的死。蔚镇邦教育着孝成现在这个时候要齐心协力才是最重要的。
蓝蓝躺在床上哭个不停，孝成止都止不住。阿贵找到孙小蝶跟他打听赵峰的去向。现在外面到处在寻找赵峰，母亲想让赵峰先躲几天。
孝成让蓝蓝去跟张婶说说，给张婶放几天假，让母亲回来住。孝成回去之后看阿贵阿福在办公室里睡觉，让他回家睡去，睡醒以后再继续寻找赵峰。这天赵峰乔装一个搬运工来到牛师长这里，问他到底是怎么个想法，最后牛师长告诉他自己投共的心意已经定下来了就等赵峰那边的说法了。
赵峰从牛师长家中出来的时候被孝成的人给盯上了，孝成一路追赵峰到了舞厅里，王新民也去了。宋怀珍打电话给保密局一听孝成去了歌舞厅，便也赶了过去。
在舞厅里赵峰跟孝成交上了火。王新民想抓住赵峰去领功，可是孝成不愿意。母亲宋怀珍也来了，孝成连忙出去找母亲，听说孝成要抓的是赵峰，母亲就极力阻止孝成。最后母亲装作昏倒，孝成送母亲去医院这才救了赵峰一命。
去医院走了一半孝成又觉得哪里不对，又回到了舞厅。可是赵峰已经跑了。赵峰跟孙小蝶一直跑到了她的家中。老太太睁开眼一看自己在医院里，心里还在想着刚才孝成说的话。
孝成一路追到了孙小蝶的家中，发现孙小蝶有个孩子，便想从孙小蝶的孩子下手。