共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
叶钊找神父见面说起土匪抢劫军车之事，死的都是大佛寺的人，神父感觉他没那么胆小，还让他以后不要随便来找。沈婕在医院里照顾柳絮飞，他这样看着她感觉很好，柳絮飞看出她眼睛红了，沈婕是在为他流泪，他不想让家人知道自己的情况。过江龙带着土匪大张旗鼓地去了教堂找神父，神父说他拿来珠电台是坏的，过江龙想找他再要二十根金条，神父面对威胁只好答应下来。
柳絮飞知道这次行动是提前计划好的，他怀疑大佛寺中有内奸，白玉兰成了柳絮飞的怀疑对象。白玉兰去医院看望柳絮飞，柳絮飞向她问起那天去冯处长办公到之事，他相信真相总会水落石出，白玉兰假装啥都不知道。白玉兰扮作护士给冯少群注射了过量药物，冯少群被她弄死。神父约见土匪二当家，他想用离间之计。
过江龙因抢劫军车将土匪解散，神父提出让二当家杀死过江龙，并把过江龙送给官府，神父答应重金酬谢，二当家让他赶快滚蛋，神父的阴谋没能得逞。沈敬斋召集峨眉山警界对青龙山的土匪进行分析，这是一起非常恶劣的案件，只是缺少线索。沈婕向董佶汇报说她打不开保险械，董佶让叶钊陪沈婕过去帮忙。二当家上山后被过江龙质问，他将和神父亲见面之事说出来，过江龙命人将他绑起来，土匪们乱成一团，双方打斗起来，过江龙要动手时听到枪声，他被其中一个土匪开枪打死，二当家也是后悔万分。
过江龙死后二当家成了山寨的老大。叶钊在沈婕的掩护下来到她家打开了沈敬斋的保险柜，他找到了需要资料后用相机拍成照片，他们听到沈敬斋回来的声音后急忙将保险柜关上。沈敬斋看到楼上房间的的灯亮着，他让人将胡亦中叫来，沈婕带着叶钊急忙躲藏起来。沈敬斋来到沈婕房间，她有些惊慌，她假装已经睡下，沈敬斋掏出枪让她将门打开，他有些不太放心。沈婕将房门打开，她之前让叶钊将衣服脱去，沈敬斋看到叶钊的样子后十分生气。
沈敬斋让叶钊说清楚，他用枪指住他，沈婕说她和叶钊早就好了，她还说是真心喜欢他的。沈敬斋面对沈婕的苦苦相逼没有动手，他让叶钊离开。胡亦中带人搜查从房间里出来叶钊，叶钊已将相机留在沈婕床上。沈婕看到相机后慌忙跑出去，胡亦中在叶钊身上啥都没发现，叶钊要走时沈婕拿着相机冲出来，胡亦中将相机带走，这让叶钊陷入被动局面。叶钊向董佶汇报情况，他将主意说出来，胡亦中回去后要将相机内的照片洗出来，可董佶的活动将胡亦中等人吸引过去，叶钊趁机潜入暗室之中将胶卷换走。