共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
沈姨希望自己加入中国共产党，老董答应会好好考虑。毛局长命沈敬斋施放闻沐，八路军得知他们的行动方案，沈敬斋只好放人，他的文件在柜子里完好无损，胡亦中放了录音给他听，那里闻沐和沈婕的对话，他们还监听到很多沈婕的过激言论，沈敬斋对胡亦中的照顾表示感谢，他怀疑沈婕动了文件柜里的东西，她承认了，沈敬斋想让她出国留学。
沈敬斋无法说服沈婕，沈婕坚持自己的想法。郑教授的棋艺在文物专家面前里下的不错，下棋时叶钊听他们谈起清军入关前在关外留有大批宝藏，藏宝的秘密被巧妙地放在文物中。叶钊按约定和王全林会面，他请求撤退，王全林认为日谍肯定不会只神父和白玉兰那样简单。叶钊知道自己被人跟踪，他只是故意不去揭穿。
叶钊向神父头号起努尔哈赤印背后的故事，神父不太相信他。叶钊从柳絮飞和情报处长的谈话中开始怀疑起王全林是否叛变，回想以前的事情让他不由得更加心神不宁，白玉兰看出他很紧张。沈敬斋请白玉兰有空的时候可以回家玩，她想跟他学钓鱼。沙沙拒绝了去看望闻教授的沈婕，沈姨明白是什么原因。
叶钊发现跟踪的特务后得知王全林刚投诚，他果断将特务杀死，叶钊不相信师傅会叛变。胡亦中向王全林说起他的保镖被干掉之事，他怀疑是沈敬斋之为，王全林又向胡亦中索要吗啡，还将钱交给他，胡亦中答应去黑市上看一下。沈婕的一些朋友由于她爸的原因不愿意理她了，她向叶钊说起闻教授。
沈敬斋向王全林问起日谍情况，王全林要向毛局长亲自汇报，他说胡亦中在背后乱说话。叶钊去拜见闻教授，他又说起了接头暗号，发现花盆里的监听器后叶钊向闻教授讨论起四库全书，闻教授对他的提出的问题加以回答，叶钊故意将闻教授叫到外面说起沈婕，还让他以后不要在书房里谈论国家大事。沈敬斋知道是胡亦中给王全林提供的吗啡，胡亦中知道是自己错了，他知道王全林需要那个。