共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
叶钊听到外面的响动后急忙躲藏起来，胡亦中进入暗室将照机拿走，叶钊等胡亦中走后才从柜子中出去。沈婕出门时被沈敬斋发现，他让她以后不要去大佛寺上班。白玉兰来到叶钊房间找他，他正在烧胶卷和其他资料，叶钊听到声音后马上开始抽烟。白玉兰向叶钊说起沈婕被禁止来大佛寺工作的事情，叶钊亮明自己的态度，他抽烟受伤的手被白玉兰注意，叶钊称是被热茶壶烫伤。
柳絮飞伤好后回到大佛寺工作，他在文物专家组里没见到沈婕，叶钊也假装不知道原因。叶钊向神父亲汇报工作进展，神父准备让张金石的夫人来峨眉山，并不是真夫人，只是以他夫人的名义，新电台就在来人身上，叶钊答应尽力配合。柳絮飞来到沈敬斋家中，他见到沈婕后很高兴，沈婕称要和柳絮飞一起出去，沈敬斋不要多加干预。
叶钊的手好了，他知道沈婕很麻烦，那天晚上让他很难堪。叶钊向董佶汇报情况，他又躲地定劫，还将日本间谍要带电台过来的事情讲出来，他们要想办法不能让日本间谍的电台到来，董佶建议将叶钊和沈婕的婚事促成，叶钊担心柳絮飞和沈敬斋的看法，董佶认为沈婕同意就行，他看出沈婕也是干大事的人。柳絮飞对沈婕十分信任，她想等想好后再告诉他。
叶钊拿着夫人要来的文件给沈敬斋看，他知道他还是为上次的事情生气，叶钊想让沈敬斋批准一下那份文件，沈敬斋认为暂时不行，还让他先回去。沈婕去找董佶，她担心着叶钊，董佶说叶钊已将相机里的胶卷换过，他提出组织上希望她和叶钊扮作夫妻来开展地下工作，只是名义上共同战斗的战友，沈婕感觉太过突然，但她答应会好好考虑一下。叶钊对那天的突然发情况向沈婕道歉，他也是估计不足，沈婕并没责怪他，她看到叶钊手上的伤。
董佶将组织上的意愿告诉了叶钊，沈婕考虑好后愿意和叶钊一起完成任务。沈婕回家时见到柳絮飞的父母，沈敬斋正在商量着她和柳絮飞的婚事，沈婕拒绝了他们，她说自己不能嫁给柳絮飞，还说已经喜欢上别人，这让沈敬斋很尴尬。柳絮飞在门外听到他们的谈话，沈婕慌忙说完对不起后跑出去。柳絮飞找沈婕询问原因，她说要嫁给张金石，柳絮飞不想让她嫁给一个有妇之夫。沈敬斋也是一个不愿意看别人脸色的人，多年来为了沈婕也是忍着柳絮飞家里，沈敬斋同意让沈婕选择她以后的路，只要她开心就好。