共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
胡亦中要从阁楼开始搜起，此进沈婕还全然不知即将到来的危险。沈敬斋和胡亦中来到阁楼后听到里面发报的声音，胡亦中猜出是沈婕在发报，他将门踢开后冲进去，沈婕看到后有些吃惊，但还是坚持在发报。胡亦中掏出枪对准沈婕，叶钊和柳絮飞也带人赶往沈家。沈敬斋在胡亦中开枪之前将他打死，叶钊飞奔上楼后见沈敬斋开枪将胡亦中手下杀死，沈婕安然无恙，她下楼后见叶钊和沈敬斋举枪相向。
沈敬斋见有人要上来时故意开枪打伤自己胳膊，他打的是胡亦中的枪，他下楼后说胡亦中判国投敌已经被打死，柳絮飞带人赶到将人控制后带回完备营。沈敬斋来到胡亦中的电台监控点将人杀死后损毁设备，他用了苦肉计。日军根据峨眉山弄来的拓片对怒尔哈赤的财富进行勘探，可没有任何收获。胡亦中的死让凤凰很吃惊，凤凰还收到宝藏拓片疑似赝品，她命人找叶钊过来质问。
白玉兰在凤凰面前替叶钊说好话，凤凰让她离开。沈婕收到叶钊受伤的电话后去了峨眉军医院，她上当了。沈敬斋回去时见吴石和柳絮飞在家中，警察局里的很多人都失踪了，县政府陷入无人管理的状况，沈敬斋准备找个合理的时间汇报给重庆，柳絮飞想尽快找到胡亦中和日本间谍勾结的证据。日军间谍绑架了叶钊和沈婕，他们让他拿着西南军政委长官的名单前去交换，沈敬斋打开保险柜后拿出那份名单，他看着桌上的照片想起了昔日之事。
沈婕被绑架后见到叶钊，凤凰让他开枪打死沈婕，叶钊假装惊恐，凤凰想知道他们是否是夫妻，白玉兰在一旁劝说。叶钊举枪朝向沈婕，可开枪后枪里没有子弹，那是凤凰故意安排的，凤凰开枪打伤沈婕，她不想杀死她，只是想测试一下叶钊的想法。凤凰向叶钊开枪时白玉兰冲上前挡住，柳絮飞带兵来到绑架地点。沈敬斋发现吴石是共产党，吴石将日本间谍的阴谋和盘托出，沈敬斋让吴石保存好那份名单。白玉兰是凤凰的女儿，她求她不要杀死叶钊，凤凰听完有些难以置信，白玉兰拿出信物给她看，她是从凤凰身上的纹身确认的，白玉兰从小在孤儿院长大，她身上的母子御守让凤凰确信白玉兰就是自己的女儿。
白玉兰因伤晕倒，凤凰十分悲痛。柳絮飞带队包抄日本间谍，凤凰要开枪杀人时柳絮飞及时赶到。叶钊将沈婕抱到一旁包扎伤口，他没功夫解释，他让刘营长帮忙照顾沈婕，刘营长为救沈婕而牺牲，柳絮飞命人把剩下的日本间谍全部消灭。叶钊将受伤的白玉兰送到朋友的私人诊所救治，手术后她身上的子弹被取出，白玉兰清醒过来。凤凰带人来到最后一道防线，她相信白玉兰还活着。柳絮飞带沈婕回到警备团治伤，她只是皮外伤，她误会了叶钊。