共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
凤凰让叶钊继续潜伏下去，她约他明晚拿着胶卷来见。凤凰命白玉兰接受胡亦国来窃取情报，宝印是她来峨眉的第一个任务，接下来仍有任务要完成。白玉兰清楚胡亦中贪财好色，她不想委身他，但凤凰的命令也不敢违背，白玉兰不想放弃做为女人的尊严，她每当用身体获取情报时总有一种屈辱感，凤凰亮出了她背后的刺青。
柳絮飞因查抄黄四郎被免除职务，胡亦中接替了他的工作，沈敬斋负责监督。叶钊准备利用沈敬斋的寿诞请老董过来，柳絮飞清楚胡亦中就是投机份子，他感觉这样军队和警局真是误党误国，可官场就是如此，沈敬斋劝他一切顺其自然。
叶钊和沈婕向沈敬斋提起庆祝他五十寿诞之事，沈敬斋不想大办，他将胡亦中肃奸之款的来拢去脉已经调查清楚。胡亦中接替柳絮飞的工作后来到大佛寺，白玉兰带他参观。等专家们离开后胡亦中又悄悄返回，白玉兰正在房内查看资料，胡亦中假装要谈工作，白玉兰要离开时被他拉住。
白玉兰掏出枪对准胡亦中，可她为了完成窃取情报的任务只好同意胡亦中对身体的侵犯，叶钊突然推开门进入大殿，这让胡亦中没能得逞，叶钊称是为桌上的扇子而来，白玉兰以请教事情为由和叶钊离开，这让胡亦中有些气愤。
柳絮飞知道大佛寺有日本内奸，叶钊的身份引起了怀疑，但柳絮飞感觉叶钊和神父不一样，他看出叶钊也在保护大佛寺的国宝。叶钊在晚上应约来到树林见到凤凰，白玉兰出现在那里，叶钊掏出胶卷交到凤凰手上，凤凰安排白玉兰和叶钊认识，她想知道原件和给她的是否一样。峨眉山将要召开国民党的军政会议，凤凰想要利用叶钊的身份。
沈敬斋拿到了胡亦中通匪和贪污的证据，他命人拟出报告。沈敬斋给重庆来的特派员徐立兴汇报胡亦中的情况，柳絮飞想去前往没得到批准，他是柳副司令的儿子，师部给他安排了新的任务。胡亦中命人拿下叶钊，罪名是有人说他私偷国宝，胡亦中故意从他身上搜出东西，叶钊说他是栽赃陷害，专家们对他打抱不平。沈敬斋带人将胡亦中抓获，还拿出他犯罪的证据来，他宣布大佛寺的安保暂由刘副官负责。