共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
沈敬斋知道王全林在寻找目标，他派人紧盯他，王全林不想大张旗鼓活动。叶钊去喝茶时见到了神父，老董通过望远镜看到他们在一起，他没见过穿长衫的神父，老董根据情况没有和叶钊接头，他担心叛徒的出卖。柳絮飞想让沈敬斋下命令出兵剿匪，他清楚那些土匪正觊觎大佛寺的国宝。柳絮飞化妆侦查时因救人打死了土匪，随后被成群的土匪追赶。
沈敬斋说出不剿匪的原因，他让柳絮飞要管土匪的事情。王全林到诊所找吗啡时得知只有县医院一家有，沈敬斋派人打听到他的动静，毛局长知道像王全林这样的人会有一个反复期。王全林给自己注射吗啡，盒子里的数量越来越少，吗啡在市面上是违禁品。王全林钭毛局长送的东西转送给胡亦中，他想通过他了解更多的事情。
柳絮飞拿着他妈从香港买回来的衣服送给沈婕，沈婕希望将钱花在抗战上。神父担心叶钊不交出电台会有变故，他让白玉兰扫除障碍，白玉兰知道没那么简单，神父让白玉兰查清楚叶钊的行动。沈婕陪着柳絮飞在街上散步时见到叶钊去了茶馆，在沈婕的提议下他们一块过去打招呼，他们的会面被老董盯着，沈婕感觉柳絮飞对叶钊说的话不太好，她对叶钊的印象很好。
叶钊在街上被王全林发现，王全林怀疑邱同将任务交给了叶钊，他想把情况汇报给重庆。叶钊看完纸条后知道师傅王全林到了峨眉，他还不知道王全林投敌叛变的事情，两人在约见的地点见面，叶钊高兴地和他抱在一起。叶钊将邱同的任务告诉了王全林，他的任务是查清日谍，王全林说邱同还没来得及说出任务就牺牲了，叶钊将神父是日谍的情况告诉王全林，白玉兰也值得怀疑，王全林让叶钊继续潜伏下去，可叶钊清楚文物并不是他的专长，他担心自己暴露。
老林带领地下党组织成员发现王全林和叶钊在一起，他们怀疑叶钊也是叛徒，老董事前知道王全林是叛徒，他建议他们来峨眉山的目的。叶钊不能这么快将电台交给神父，他看到钟表后怀疑可能是收报的时间不对，怀表的指针一直停在九点钟，他打开收音机后听到一组数据，叶钊怀疑密码盘藏在怀表里，试过之后他破解了日军密码，这下可以放心地将电台和密码本交给神父了。王全林通过胡亦中弄到了吗啡，他对他的帮忙表示感谢。王全林向毛局长汇报日本间谍之事，他的电话被沈敬斋监听，王全林在毛局长面前大力夸奖胡亦中，还说沈敬斋在工作上有些怠慢。