共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
白玉兰也在考虑是否要和张金相认并及时将毒气弹运出去，叶钊故意去接近白玉兰，她不敢当众接头，叶钊和沈婕的婚期订下，他们发出喜帖，柳絮飞再次看到叶钊和白玉兰比较亲密的样子，他上前指责叶钊，还对叶钊进行警告。柳絮飞在街上遇到沈婕后说起叶钊，沈婕对他有些歉意。董佶以大夫之名见到沈婕，他对她的工作方式再三加以强调。柳絮飞的姑妈就是代号为凤凰的日本间谍，她在教堂一无所获。
柳絮飞带着东西去看望姑妈，她又向他说起和沈婕的婚事，还想亲自去会一下她。叶钊和沈婕结婚了，婚礼举办的很隆重，尽管是假结婚，但他们也演的很像。沈敬斋得知黄四郎到来时马上亲自过去迎接，柳絮飞的姑妈(以下简称凤凰)当众摔碗和坛子表示要先退亲，沈婕很生气，沈敬斋让她有话慢慢讲，凤凰再三指责。
胡亦中见情况不妙就叫来了军警要抓人，沈敬斋制止了，柳絮飞随后赶到，他让凤凰不要多管，柳絮飞向众人道歉，凤凰趁机将字条给了白玉兰，白玉兰慌忙将它踩在脚下。沈婕对沈敬斋进行安慰，还劝他早些休息，她亲了父亲的脸颊，这让沈敬斋想起她小时候的样子，沈婕只是想逗他开心。
沈敬斋感觉叶钊叫他爸还有些不太适应，他让叶钊以后搬过来住，沈敬斋也想早些抱上外孙。新婚夜晚沈婕和叶钊分开而睡，叶钊睡在地板上，沈敬斋还特意给他们换了大床，叶钊看出她和父亲关系很好，沈婕向叶钊讲起了往事，叶钊感觉他们也不容易，她小时候感觉沈敬斋是世界上最好的爸爸，长大后才发现父亲的另一面，沈婕始终都不愿意把父亲划到坏人的行列。
叶钊也想伺机策反沈敬斋，沈婕让他一定要相信自己。白玉兰想起神父说起的凤凰，她知道凤凰来到峨眉山。叶钊在新婚第一天就赶往大佛寺上班，沈敬斋看到后放他几天假在家里陪一下沈婕，沈婕听到后很高兴，叶钊只好回去，他感觉白玉兰十分可疑，沈婕听完后很惊讶，还表示抱歉，叶钊只希望她以后不要给添麻烦。柳絮飞向警察局局长要神父留下的那些东西，他预感到肯定有间谍组织。白玉兰去会见凤凰，凤凰知道她的代号是樱花。