共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
柳絮飞想对王怀古进行尸检，沈县长建议他不要深究，还想把他和沈婕的婚事给办了。沈婕有些事情想不明白就去找闻教授询问，他们的谈话都在监听之中。柳絮飞加强了大佛寺的岗哨工作，他怀疑内部可能有问题，白玉兰看到后她的照片后很生气，沈敬斋从中调解，他让他赶快把那些东西都收起来。
叶钊以张金石的名义在峨眉山下船，同船一人看出他为那七千箱国宝而来。白玉兰的上级让她不要暴露身份，她的实际身份是日本间谍，她要想办法和张金石取得联系。沈姨感觉到中国到了最危难的时刻，柳絮飞没看出她的性格还有这一面，沈敬斋在吃饭时说起白天反对柳絮飞之事，他认为事情没那么简单，有可能会牵扯到更大的利益集团。
沈敬斋晚上接到玉林街金店被土匪抢的消息后就过去了，丢的都是真金白银，店老板很着急，所幸器材完好，沈敬斋是峨眉山军统站长，他的掩护身份是县长。叶钊下船后被军方接走，沈婕带领学生在街上演讲，叶钊看到她站在台上，军警来到现场后一片混乱，叶钊接住了从台上掉下来的沈婕，她被吓了一跳，沈敬斋出现后将她带走，沈婕对叶钊的帮忙表示感谢。
王全林成了重庆地下党组织的最大嫌疑人，他也成了军统一员。柳絮飞给叶钊介绍了大佛寺和那里文物的情况，叶钊不想在下班时间内被干预。叶钊见到了沈敬斋，两人这是第二次见面了，第一次是在混乱的街上。日本特务见到过江龙提起大佛寺的宝藏，大佛寺有一营国军兵力驻守，日本人称只想要所有文物中的一件，还说有内应在大佛寺，过江龙因利益被利用，他看到日本人身上掉的项链，还怀疑他是外国人。
沈敬斋让沈婕以少参与政治活动，她对国民党的看法不好，沈敬斋向她说起在街上遇到的人就是文物专家张金石。白玉兰得知军统工作的重点是抓共产党，日本特务准备从中伺机得利。沈婕去找叶钊表示感谢，还带了特产过去，她以前是重庆女专历史专业的，沈婕想坚持自学，叶钊给她一些建议。柳絮飞见沈婕出来就和她一起去湖边儿散步，她说起在街上叶钊救她之事，她辍学后感觉价值观有些迷茫，听完叶钊的话后明朗开来，柳絮飞让她不要轻信别人之言，她清楚自己应该做些什么。叶钊发现了那个十字架后怀疑是日本人内应放在那里的。