共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
柳絮飞对叶钊进行检查，叶钊的全身被搜查，他在他在身上搜到那条十字项链，柳絮飞还让他脱裤子检查。军统对民主人士进行监听，还掌握了他们全部的资料。柳絮飞认为抓共产党会破坏国共联合抗日，沈敬斋对他的想法有些担忧。
白玉兰时刻盯着大佛寺的专家们，专家们都没见过这么多的文物，他们对于遗失的文物有些遗憾。叶钊是故意戴那个十字项链在身上，他也注视着白玉兰的动向。盛老板也找到过江龙，过江龙说起有人来说谈合作之事，盛老板自称认为国方的人，过江龙想多要几条枪。日军想国快龙脉计划，还起用了新的电台和密码，它藏在张金石身上。
王全林在军统会议上被表扬，他愿意再立新功。叶钊来到教堂和日本特务最得联系，对方要电台和密码本，他的回答应滴水无漏。柳絮飞和沈婕想等抗战结束后再结婚，沈敬斋不想让他去前线，沈婕也想去。叶钊不想把电台和秘密本那么快交到神你手上，他还没有破解，叶钊准备利用柳絮飞来缓解时间。
叶钊在晚上故意弄晕一名士兵，柳絮飞知道后命士兵马上集合，整个大佛寺紧张起来。柳絮飞将专家们请到了会议室，叶钊再次去见神父时说大佛寺戒严，很难将电台和密码带出来。盛老板看到叶钊后追赶出去，但出门后发现他不见了。盛老板被过江龙的人抓起来搜到一张银票，过江龙认为他是军方派来的人，他说教堂的人都有那个十字架。
叶钊准备和组织上取得联系，虽然没查出大佛寺的内应，但神父已经暴露。青龙帮的土匪在夜里去在佛寺打探消息时被枪打死，柳絮飞从他们身上的图案看出来。柳絮飞根据情况对大佛寺进行戒严，任何人不得私自外出，这让叶钊有了不交出电台的理由，但无法和组织上接头，他看到电话后给沈县家找去电话，沈婕接到电话后知道是叶钊，她答应亲自去接他喝茶，两人去了峨眉山茶馆，叶钊在喝茶时说出和组织上联络暗号。