共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
叶钊等神父出去后用刀子结果了盛老板的生命，然后将他拖到后山掩埋，神父在一旁看到，叶钊故意表现出惊慌和害怕的样子，神父向他问起电台和密码本何时才能带出，他想问出大佛寺是否有同僚，可神父让他和自己单线联系，他会想办法解除大佛寺的戒严。过江龙找胡秘书谈话，胡亦中回去后被沈敬斋问起，他留下这些土匪还有用，胡亦中只好过江龙发去帖子。神父将叶钊杀死盛老板的情况告诉了白玉兰。
军统得知日军的龙脉计划，但不知具体内容。沈敬斋接到王全林被派到峨眉山的电话，他不清楚毛局长是何用意。毛局长派王全林去峨眉是想让他打入到共产党的内部，王全林的体内被注射了吗啡，在他执行任务前还带了两盒。叶钊对日军密码本进行研究，可没有破解，他怀疑密码本中采用了加密手段。
王全林走之前去看望女儿珍珍，她是他唯一的亲人。王全林初次来到峨眉，他不知是福是祸，他选去找沈敬斋报到，沈敬斋对他的到来表示欢迎。白玉兰向神父汇报工作，她也认为叶钊学识渊博。叶钊发现真的密码藏在钢笔中，那本书只是假象。王全林被峨眉山地下党组织盯上，老董命人不断跟踪以打听他的身份。
白玉兰晚上带着混沌去了文物专家那里，她打听着玉玺的详情，了解到有些玉玺下面还有微型地图。叶钊见白玉兰带着夜宵前来，他将她请入房内，那是有名的峨眉山抄手。沈敬斋让沈婕在家里好好准备一下和柳絮飞结婚，她一直把他当哥哥看待，沈婕还没有结婚的打算，她希望父亲能听一下自己的意见。
沈婕希望她爸能理解自己，她想做出对国家有意义的事情。白玉兰向沈敬斋和柳絮飞提出解除大佛寺内部禁令之事，柳絮飞表示反对，他的计划得到了沈敬斋的认可，柳絮飞坚持按自己的想法来办，沈敬斋同意安装铁甲门，但对专家的人身限制还是不用军事管理为好。白玉兰将新的文物造册记录交给沈敬斋，他们认为叶钊真是个人才，叶钊解决到一个重要的问题，他找到了密码和电台波段，只是仍没有破解电文。沈敬斋让胡亦中没要再派人调查柳絮飞。