共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
沈婕不擅长掩饰自己的感情，她明白叶钊来峨眉山就是为了完成任务，他相信她以后会忘记自己，但沈婕将永远把他放在心头，她能感觉到叶钊的一切。沈敬斋来到楼上阁楼里，他看到罐子中被烧毁的东西，听到有人上楼后沈敬斋拿起葫芦丝，沈婕来到阁楼后看到她爸拿着它。柳絮飞在对待日本人的问题上会全力配合叶钊的工作。
叶钊向凤凰汇报名单之事，她想要重要军官的详细资料，包括战区来源。胡亦中截获沈敬斋家中发往延安的电报，他要以此来对付沈敬斋。参加军政会议的军官陆续到达峨眉山，那些军官都是坚持国共合作的英雄，地下情报工作要靠叶钊继续努力，柳絮飞还不想贸然行动，他准备去县府派军驻守。
沈婕希望特派员能快些到达，国民党的抗日军官基本上都到达峨眉。吴石来到沈敬斋家中，他见到了沈婕和叶钊。沈敬斋和吴石十多年没见面了，两人聊起往事，前线抗战十分艰难，国民党派系勾心斗角，吴石说起前线八路军的状况，沈敬斋提醒他这些话在外面不要乱说。柳絮飞派出的探子发现日本间谍据点，探子飞奔回去向他汇报。
沈婕向吴石打听起前线情况，他也是第一次来峨眉山，沈婕看到他随身携带的战国策，她叫来叶钊后和特派员相见，他们要联手粉碎日本间谍的阴谋并保护好爱国军官。国民党内部有一批投降派要向南京政府投敌，日军还准备在峨眉山开会其间实施轰炸，叶钊听完吴石的话后才明白日军的真实目的，他的任务是拿到那份名单并破坏敌人阴谋。叶钊让柳絮飞不要打草惊蛇，柳絮飞送给他一把手枪防身。
沈婕找她爸做思想工作，沈敬斋坚持自己的想法，沈婕选择了信仰。叶钊得知沈婕的做法后认为她做的不妥当，他无意中听到胡亦中发现电台之事，胡亦中拿着搜查令赶往沈敬斋家，叶钊给柳絮飞打电话请求帮忙，柳絮飞带兵过去。胡亦中带人硬闯沈敬斋家中，他拿出搜查令后要强行执行任务，还威逼沈斋交出西南军政会议军官的名单，沈敬斋答应陪他搜，但不让太多人进去