共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
峨眉山茶馆的老董收到接头同志的消息后亲自过去查看，他认识邱同，老董派人盯住叶钊，看他和谁接触。沈婕认为叶钊是风趣之人，他认为女人靠智慧才能比男人更强。叶钊没能联系上组织，他听伙计说完后提出要方便一下，他出去时遇害上了盛老板，盛老板一直在找他，他将一叠钱塞在他手上要走时盛老板向他要枪，他知道他在军队里有路子，还清楚叶钊是冒名顶替，叶钊只好答应下来并相约下次交易，沈婕在远处看到他们在一起。
老董让伙计调查一下叶钊和盛老板，沈婕对当局失去信心，她感觉全力军民应该以抗日救国为主。柳絮飞整日忙于工作，他抽空去看望沈婕，两人谈起书上的内容。盛老板被过江龙的人威胁，他是即想得钱又想保命。大佛寺的教授们都感觉是报国无门，他们的遭遇都差不多。
老董从上级那里知道邱同已经在路上牺牲，他让人断绝和地上下党上的一切联系，并等待时机。沈敬斋回去后对沈婕询问起张金石和柳絮飞，她认为和谁交朋友是自己的自由，沈婕从小学西方文化，沈敬斋让她以后不要去大佛寺找张金石。王玉兰将张金石的情况汇报给神父，神父清楚文人最大的弱点就是胆小，他要让他手上沾上同胞的血。
柳絮飞加强了大佛寺里外的防卫，沈敬斋让他晚上值夜班的时候可以找副官，但柳絮飞还是要亲力亲为，他提出要在藏宝室周围安装德工的防盗门，柳絮飞想通过父亲解决资金问题时被沈敬斋阻止。叶钊在文物里见到了清朝玉玺。
沈敬斋命人对闻教授多加监控，白玉兰看到叶钊给沈婕打电话，沈婕接完电话后坐车去接叶钊，她感觉去陪他喝茶有些不太方便，沈婕将他送到茶馆后就离开了，盛老板如约而至，他向他问起军方朋友的情况，盛老板再次提起枪的事情，叶钊说那没问题，他让他跟着自己去教堂，叶钊清楚有人跟踪，到教堂后两人进了房间，叶钊将盛老板打晕后注射麻醉药时被神父看到，神父交给他一把刀子让他杀死盛老板并拖到后山掩埋。