共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
叶钊在沈敬斋面前说把结婚的事情都交给沈婕去办，沈敬斋认为做为男人一定要有担当，叶钊称不想为了私事将公务放松，他承认自己的过错。柳絮飞回到大佛寺后听刘副官的汇报，他向白玉兰提出质疑，她这才将钥匙还给柳絮飞，柳絮飞对她并不放心。柳絮飞回大佛寺很及时，叶钊和沈婕从家里溜出去，他们在上山时看到一支马队，叶钊发现他们是土匪假扮的，他让沈婕先回大佛寺，叶钊要跟着马队过去看看。
沈婕并没有直接回大佛寺，她悄悄跟在叶钊后面，叶钊看明白了马队的去向。沈婕跟过去时只见到一群马，她被土匪发现后掐住脖了，叶钊冲出来救她，土匪在逼问之下知道他们是青龙帮的土匪，还得知神父去了青龙帮，叶钊让沈婕赶快去告诉柳絮飞。沈婕见到柳絮飞后说晚上有土匪要攻打大佛寺，还可能有毒气弹存在，柳絮飞刚开始认为她是在开玩笑，但之后加强了完备工作，所有哨岗增派了双倍兵力。
白玉兰在出大佛寺时被哨兵拦住，专家们都发了防毒面罩。叶钊在土匪那里找到了神父，他说清太祖狩猎印有两枚，找到的那枚不是他们想要的，神父向土匪说明不想干了，还掏出枪来，他身上绑了炸药，这让土匪也不敢轻易开枪，叶钊跟着神父溜走。柳絮飞带人化妆侦察，他们发现了大佛寺后面的那股土匪，柳絮飞想用白刃战来解决他们，他派兵两侧包抄过去，近前时柳絮飞发现上次劫持军车的就是那帮土匪。
土匪们还没来得及拿到枪就被柳絮飞带人杀死，柳絮飞从土匪活口那里知道了他们的意图。神父带着叶钊在逃跑，土匪在后面追赶，神父的胳膊受伤后叶钊接过他手上的枪打死追赶土匪，叶钊亮明了身份，神父低估了他的能力，叶钊果然将神父开枪打死后全身而退。青龙山土匪在夜里摸到大佛寺门口，他们还不知道那里早已重兵埋伏，白玉兰并不知道外面发生的情况，她看着手表不知道该如何来办。
土匪们从大佛寺撤下来，柳絮飞早已带人做好埋伏，交火后柳絮飞带兵冲上去，土匪急忙撤退，只有少数人逃走，柳絮飞发现了他们的枪支弹药，这下终于报仇了。叶钊回去后听郑教授说起山上情况，柳絮飞对沈婕进行夸奖，她说土匪的事情也是从别人那里知道的，柳絮飞猜想是张金石告诉她的。沈敬斋向胡亦中问起土匪之事，胡亦中也没想到这样的结果，沈敬斋命他通知周局长立刻剿匪，他要严办，还要让警局吐出那些土匪上供的金条。