共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
胡亦中被无罪释放，徐立兴说是证据不足，肃奸款已经补上，胡亦中被安排警察局的肃奸队并官升半级，这让沈敬斋心里很难受。沈敬斋酒后回到家里对沈婕说也心里话，他不想让她跟着共产党走，他想等国宝造册工作结束后就退休回老家。柳絮飞去警察局调查日本间谍，他见到了胡亦中，柳絮飞向他问起黄四郎的案子，还怀疑曾经的姑妈是日本间谍，胡亦中看完照片后称他会继续调查，他认出照片上的人正是凤凰。
柳絮飞和胡亦中谈话，他将在警察局遇上胡亦中的事情说出来，柳絮飞希望沈敬斋能和他站在一条战线上联共抗日。军统发现玉林街有电台信号，是峨眉山共产党地下党向延安发出的，沈敬斋收到情报后马上赶过去，他想起了柳絮飞的那番话。沈婕听到沈敬斋接电话后去向地下党同志们汇报，她打算带出电台，玉林街被封锁，沈婕成功将电台带出去。
叶钊在门口接住沈婕，两人进门后遇上沈敬斋，老许随后跟进来向沈敬斋汇报情况，他们没发现可疑目标，叶钊和沈婕急忙将电台转移，他不想让她以后执行这么危险的任务。沈敬斋找叶钊谈话，沈婕在窗外听到，沈敬斋清楚自己是有罪的人，他不想让他带走沈婕，叶钊假装听不懂他的说什么。
叶钊对沈敬斋很有信心，他让沈婕多在家里照顾她爸，要慢慢地争取沈斋过来。凤凰在高庙酒坊约见叶钊，他在她面前决心，暗杀任务显示了他的忠诚，凤凰感觉叶钊是做特工的好材料，她让他拿到峨眉山会议军政会人员的名单和地点，凤凰想让他进入政府部门找工作，叶钊答应她会尽力而为。
叶钊不想在沈敬斋面前提要求，沈婕花时间陪在沈敬斋旁边。叶钊见沈敬斋和柳絮飞过来就故意在他们面前表现出和白玉兰的暧昧，他们听到郑教授的话，沈敬斋对沈婕有些担心，柳絮飞相信叶钊的为人。叶钊在白玉兰面前发牢骚，他想从她那里套取情报。