共35集
该剧讲述了二战时期，北京故宫七千箱国宝文物被紧急转运四川峨眉山。而这批文物中，传说有一枚努尔哈赤印章上隐藏着宝藏的秘密，从而吸引了日本间谍前去寻找。富大龙饰演的叶钊便化作三重身份来到峨眉山，继而与高洋饰演的进步青年沈婕在组织的安排下结为“假夫妻”，共同保卫国家财产的故事。1942年，七千箱北京故宫的国宝被运到峨眉山，其中一枚印玺隐藏着满清千吨黄金的藏宝图。日军想借此补充军饷，遂派遣间谍，欲夺印玺。中共地下党截获了这一情报，派特工叶钊伪装成文物专家，潜入日谍内部。然而叶钊的身份几番遭质疑，屡遇险情，他与县长女儿沈婕结为假夫妻，周旋于国民党内部倾轧与峨眉日谍网络之间，又与爱国军人柳絮飞暗中联手，杀了日谍头目神父，保护了国宝。新的日谍头目再次打入峨眉，要在抗战最艰难的阶段，轰炸蒋府官邸，打击中国抗日的信心。叶钊必须在日谍网络里继续潜伏以获取新情报。在战友牺牲生命掩护下，叶钊重新打入日谍内部，发报修改了航向坐标，日军轰炸机撞山而亡。峨眉“秀甲天下”的风光之下，虽无硝烟，却激战正酣。 《密战峨眉》是一部反映抗战时期故宫文物避难峨眉，以一部间谍战为主题的电视剧。1933年抗日战争爆发前夕，华北形势告急，故宫博物院决定将馆藏精品转移，以避战火浩劫。自此之后的15年中，近百万件分享者电视故宫文物历尽艰辛坎坷，行程数万公里，由北京经上海、南京辗转运抵四川、贵州，至抗战结束后，再陆续运回南京。这一捍卫中华民族文化瑰宝的雄伟壮举，是中国人民在惨烈的反法西斯战争环境下创造的保护人类文化遗产的伟大奇迹。
凤凰对于婚礼上的事情向叶钊表示歉意，她发现沈婕没来，还将准备的化妆品交给叶钊。凤凰约叶钊晚上八点在城南教堂小树林，他通过接触可以确认她肯定没见过张金石，这次见面只是想确认一下身份，董佶让叶钊一定要做好思想准备，他判断凤凰会找土匪询问情况，叶钊会见机行事，他知道凤凰暂时不会杀他，沈婕对他有些放心不下。
黄四郎抓到了凤凰要的土匪二当家，她拿出照片让他看，还称神父是她弟弟。二当家将当时攻打大佛寺的情况说出来，叶钊当时的表现她都知道了。凤凰让人在见面时控制住叶钊，她对他十分怀疑。沈敬斋将那盘关于沈婕不当言论的磁带销毁，他不能留下把柄。沈婕希望叶钊去见面时带上武器，她担心他一个人去很危险，叶钊将刀放下就出去了。
叶钊到林子里后被人打了一顿后用麻袋罩住带走，土匪二当家当面指认就是叶钊那天去寨子里找神父的，凤凰随后对叶钊用刑，叶钊听到滴水声后说当时柳絮飞已经回来，他说和沈婕结婚是为了拿宝印的拓片，叶钊的话让二当家忍不住说出话来，他一口咬定神父是被土匪打死的，凤凰让人将二当家拉出去，叶钊的眼罩被摘下后他明白了一切，凤凰暂时相信了他说的话。沈婕去回春堂药铺时被凤凰的手下盯上，董佶指责她不应该来这里找他，她太缺乏斗争经验。
董佶判断药铺已经暴露，他让董佶从后门离开，但特务还是一直跟随她，董佶派人将跟踪沈婕的两人杀死。凤凰看到白玉兰在窗户前张望，白玉兰担心会错杀了张金石，凤凰称张金石被吓晕过去。土匪二当家被杀死，董佶准备让凤凰的后院失火，他想把警察的矛盾引向凤凰。凤凰得知跟踪沈婕的两人死后很惊慌，她仍向叶钊逼问拓片的下落。
日本间谍身上黑龙会的标志暴露了他们的身份，胡亦中收到消息后准备把尸体抬走，沈敬斋到后向胡亦中质问，凤凰带人躲在一旁看到他们，她想伺机利用胡亦中。凤凰怀疑沈婕可能是共产党，她向叶钊询问，叶钊说有可能是军统所为。沈婕对叶钊十分思念和担心，叶钊以前说过的话浮现在她脑海中。叶钊被放回去，沈婕看他回来后跑过去搂住他。叶钊猜出药铺可能已经暴露，他想查出大佛寺的内奸，叶钊只能从沈敬斋的保险柜中拿出拓片。