共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
十三年前，荆轲在行刺之前，将自己佩戴多年的宝剑赠给了盖聂。刺秦失败，荆轲被杀后，盖聂在饮酒怀念荆轲的时候，发现他赠给自己的是一把新剑。盖聂将新剑折断，发现了隐藏在剑柄内的遗书。原来，荆轲一直对刺秦王救天下的说法心存疑虑，认为天下统一是必然的趋势，也许他们可以等秦国一统天下了以后再把政权交给真正贤能的人。荆轲临死前留下的那个微笑，实际上是想嘱托盖聂辅佐一个明君，让天下太平，还百姓安居乐业。盖聂潜伏咸阳十几年，观察到秦王的长子扶苏宅心仁厚，将来必定会是个贤明的君主，盖聂建议巨子亲自去拜访一下扶苏。
蓉儿为自己之前对盖聂的误会而道歉，盖聂告诉蓉儿自己这些年留在嬴政身边，其实也是为了能更快的找到天明。得知真相的蓉儿发现盖聂不仅武功高强外表俊朗，更是个有情有义的大丈夫，对盖聂愈发的倾心。盖聂不知蓉儿的心事，感激蓉儿的救命之恩，却将蓉儿弄得手足无措落荒而逃。
咒印解开后，天明总是梦见小时候的自己在大殿上看见盖聂杀死了自己的父亲荆轲。天明将自己的梦告诉月儿，说自己现在非常害怕盖聂，担心他对自己好是因为心虚。月儿认为盖聂对天明的好并非出自假意，让天明好好去感受。最近月儿也总是被奇怪的感觉包围，她发现了一处坟墓，墓碑上刻着爱妻碧华与爱女如儿之墓。时常有人到墓前祭奠，但并不知道是谁。月儿的祖父鞠武是燕国太傅，父亲鞠玄是燕太子丹的至交好友。荆轲刺秦的事情，月儿的父亲也参与了谋划。行刺失败后，燕王为了保全自己的国家，想用太子丹的首级讨好秦王，鞠玄一族也受到了牵连。月儿最后的记忆就是父亲领着六名死士护送太子丹，毅然离去的背影。月儿将自己的身世讲述给天明，因为彼此分享了心中的秘密，两人的关系不觉间更加的亲密了起来。
拗不过天明的央求，盖聂答应教天明学习剑术。班大师每天钻研奇淫巧计，四处寻人跟自己研究机关术，并且决心研制出机关鸟来代替信鸽。
想起了卫庄和七杀门的过往，盖聂决定跟卫庄做个了断。