共58集
战国末期,荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托,护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷,盖聂一人击退三百秦国铁骑,秦王震怒,命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄,卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下,为夺得天下第一剑的名号,卫庄答应了李斯的要求,殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时,身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”,“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上,盖聂与天明结识了墨家众高手,以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月,一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间,集结了墨家深厚的智慧,是天下所有反秦势力最后的堡垒,它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城,赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨,继而又用权力诱惑卫庄,让他相信只要胡亥登基,卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城,秦王派出庞大的精锐之师,卫庄找到了公输家族的掌门公输仇,公输仇与墨家世代为仇,机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动,一时间,机关城内杀机迭起、暗流涌动。
挖开的棺材里空无一物,令巨子情绪失控,不论小植如何劝阻,他都坚持要去找下落不明的女儿。蓉儿逼不得已,只得将当年碧华去世的原因讲了出来。
碧华原是上古大巫羲仲的后代,是羲氏一族的圣女。本该终身不嫁的她却为了鞠玄(巨子)背叛了族人,私自到了燕国。刺秦失败,鞠玄逃入墨家后,先代巨子命蓉儿暗中照顾碧华母女。不久之后,大司命找到了碧华,要将她带给东皇太一发落。碧华以女儿重病为由,求得了几天时间,将女儿托付蓉儿,并为女儿改名高月。
蓉儿见碧华神情焦急,又担心月儿身体不适,询问之下,得知月儿继承了碧华的血脉,是坤元玉珪。坤元玉珪的秘密事关義氏一族的命运,若被族人知道,月儿将会有灭顶之灾。蓉儿带着月儿连夜离开,碧华建起一座空坟,对外宣称女儿病死。明知回到羲氏一族必死无疑,但为保护女儿,碧华仍无怨无悔。巨子理解到碧华的良苦用心,答应蓉儿带走月儿,让她远离过去的纷扰。
蓉儿再三请求巨子与月儿相认,用月儿的血缓解毒素。巨子不同意,身为父亲,他不想让月儿承受两次丧父之痛,更不想辜负碧华的苦心。巨子说已经找到了真正的贤能之人,只要尽力辅佐他统一天下,造福百姓,自己就算是做完了该做的事情,可以撒手离开了。在巨子的请求下,蓉儿答应向月儿保守秘密,却被躲在竹林里的天明听到了他们的谈话。
心事重重的天明找到了正在包药的月儿,被月儿的玩笑话一激,将巨子就是她亲爹的事情失口说了出来。月儿激动之下甩开天明,去找蓉儿和巨子想要问个明白。 得知巨子已经去往咸阳,月儿试探蓉儿,谎称曾梦到巨子就是自己的亲爹。见蓉儿言语躲闪,月儿决定下次亲自问巨子。
墨家机关城是经过几代弟子的努力,将一整座山掏空,以山中流水作为动力,四处布满机关和守卫的神秘所在,寻常人连入口都找不到。
蓉儿和班大师带大家进入机关城,众人对机关城的精密和机巧表示赞叹。盖聂等人乘坐机关梯来到了日月甬道。班大师叮嘱只能走刻着日轮的石板,否则触动机关万箭穿心,盖聂叮嘱天明跟紧班大师。天明不听话,随意踏出一步,触动了机关,被盖聂救下。
蓉儿集结墨家高手,安排为天明治疗。天明觉得大家对自己好,都是因为父亲的面子,并非真心,于是把自己关在屋里闹情绪。
少羽找到天明,要带他和月儿一起闯禁地玩,月儿想拦住两人,却忽然听到了儿时听过的曲子。少羽发现并扳动机关,一扇门打开,三人刚走进去,就被班大师的机关笼子关住。之前少羽听说墨家要辅佐贤能统一天下,以为自己就是那个贤能之人,怕这次闯祸影响自己在墨家的形象,于是在班大师训斥三人的时候,撒谎说是天明出的主意。
天明为少羽承担了责任,被班大师和蓉儿锁在屋子里面壁思过。
巨子在咸阳没有见到扶苏,回到机关城。见城中弟子士气低落,于是让小植安排竞技大会,重振士气。
月儿和少羽被罚扫院子,好不容易完工后月儿去找巨子,却被守卫拦在门外。
少羽找天明道歉,心里委屈的天明在屋内乱扔东西撒气。盖聂和蓉儿赶到,怕天明情绪激动影响治疗,于是踢开门打晕了他。盖聂怕蓉儿总是这样束缚天明,会使他越来越逆反,心病加重。蓉儿见盖聂不理解自己的苦心,一气之下将他赶出了门。