共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
见无论怎么解释子婴都是一副疯疯癫癫的样子，天明心中生疑，不知他究竟是装傻还是真的傻了。两人正在拉扯间，子婴偷偷在天明耳边说，不能走，扶苏的仇马上就可以报了。赵高派车马将子婴接到咸阳宫，又遣手下将献出新王求和的密信送给刘邦。
得知赵高想要求和，盖聂说赵高毫无信用可言，若自己进了咸阳城，必将杀之以告故人亡魂。刘邦的想法与盖聂不谋而合，下令给将士多添战饭，明日一早出兵叩关。
新王登基当天，子婴迟迟没有到达祭典会场，众大臣议论纷纷。大殿之上，子婴抱着娃娃，说是自己的儿子，装疯卖傻的称宫人要谋害自己和儿子，拒绝沐浴更衣，并用头撞击青铜雕像，以死相逼。赵高得知没人劝得动子婴，只得亲自来到大殿。
赵高进入殿中，察觉气氛有些异常。子婴将鞋子置于帘子之下，吸引赵高的注意力，又趁其不备之时，从背后将其刺杀而死。大仇得报，子婴恢复到往昔清醒的状态，坐在了王座之上。
公元前二零七年，子婴杀赵高即位为秦王，刘邦率义军破武关，兵临霸上，剑指咸阳城，天明、高月也与盖聂和蓉儿在城外汇合。做了四十六天秦王的子婴，为了咸阳不受战火屠戮，奉天子玺符，亲领百官出城向刘邦请降。刘邦接过玺符，带兵入城。盖聂与子房分析怀王以关中为筹码，就是想让几路强兵厮杀，自己坐收渔翁之利。刘邦采纳建议，与关中百姓约法三章，为保咸阳平静，甚至主动撤军到霸上，不拿百姓一分一毫，其做法尽得民心。
少羽带着几十万大军疲惫而缓慢的赶往咸阳，归降的秦军因为吃不饱穿不暖，几次与少羽的部队发生冲突，章邯指责少羽空有强兵，却少仁德，少羽盛怒之下将其斩杀，并下令对闹事的秦军大肆屠杀。卫庄劝少羽宽待秦军，稳定军心，防止引发兵乱。少羽不听劝阻，让虞美人将其送走。出了营帐，虞美人说少羽复仇针对的是敌人、仇家，而卫庄复仇伤害的都是至亲之人，所以没有资格指责少羽。
探子报告刘邦已经入了咸阳，少羽下令连夜赶往关中。秦兵又闹事，不肯拔营前行，为了轻车从简，尽快到达咸阳，少羽假意送粮安抚秦兵，实则安排手下用火将其全部烧死。卫庄说少羽后无追兵，前无强敌，不明白他为什么要这么做，少羽说要以最快的速度到达咸阳，将咸阳掌握在自己手上。
卫庄找到虞美人，让她劝少羽收敛一下暴戾之气。虞美人说理解少羽心中的痛苦，所以不会劝他，而且不管他今后是王还是寇，自己都跟定他了。虞美人离开后，将坐在轮椅上的卫庄留在了帐中。