共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
想到对扶苏的承诺，小高故意将剑偏开，将赵高刺伤。雪女见小高危险，飞身相救，二人正要离开时，被弓箭手击落在地。二人都不愿舍弃对方独自离开，终究寡不敌众，再无力反抗。扶苏将缠枝莲玉佩放到了雪高紧紧相握的手上，含泪将两人杀死。临死前，小高和雪女互相说出了心中的爱意，在远离纷扰的世界，二人终成眷属。天明背着月儿躲开秦兵，与聂蓉汇合。盖聂执意要等小高和雪女，让蓉儿驾车先走。
秦王认为卢生献祥瑞、搞祈福大典，都是为了行刺自己，于是命手下将卢生剁碎喂狗。
月儿在马车中醒来，用簪子刺向天明。天明不断呼唤月儿的名字，月儿头痛欲裂，昏厥过去。
一直没等到雪高二人的盖聂来到公子府，读了扶苏留下的信函，得知二人已经离世。蓉儿一直未睡，见到回来后满脸悲痛的盖聂，明白小高和雪女已经永远都不可能回来了。
在宫中服侍秦王一夜，劫后余生的赵高回到阴阳家后，庆幸卢生抢在自己之前献计。大司命汇报高月被劫走，并谎称素影承认自己放走了高月。愤怒的赵高来到关押素影的牢房，指责她觊觎圣女之位，背叛自己，害死妹妹碧华，还用碎魂针害高月。素影的精神几近崩溃，为了进一步折磨她，赵高吩咐将其关进碧华的墓室。素影求大司命给自己留条活路，大司命告诉她，这就是命运，想当初她也没给少司命留活路。
秦王听了关于刺杀事件的处理汇报，痛斥方士学馆一直谋划刺杀自己，传口谕，要将学馆内的人全部坑杀。扶苏冒死谏言，劝秦王放弃严刑峻法，秦王大怒，要将扶苏贬为庶人。群臣下跪，求秦王三思，秦王最终将扶苏贬去上郡督造直道，并下令，若无召见永不得回京。想到胡亥终于有出头之日，赵高感慨失之东隅收之桑榆。
扶苏在赴任的路上见到了盖聂，并将雪高二人的定情玉佩交给了他。扶苏赞小高与雪女之高义当世罕见，愧自己曾以小人之心猜忌二人。盖聂叹扶苏深受牵连却毫不介怀，承诺愿为他赴汤蹈火。
月儿醒来依然神智不清，躲着蓉儿，却唯独信任和依赖天明。蓉儿告诉天明，为了尽快治疗月儿，明日就启程回芒砀山。