共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
大司命用手刀，将跑向月儿的天明击晕，安排少司命将其带往咸阳。
马车上，少司命用自己的手帕擦掉了天明手上的血迹，不禁想起了自己年幼时被大司命安排在天明的身边。天明从小到大都十分顽皮，四处惹是生非，少司命一直在暗中保护着他。天长日久，少司命竟对心性单纯的天明渐生情愫。
巨子查看了墨家弟子收集到的信息，发现公子扶苏正如盖聂所言，与嬴政的政见不同，对墨家的兼爱非攻格外推崇，是一个耿直仁厚的正人君子，于是让小植安排与公子扶苏的会面。
小植将公子扶苏带来见巨子，二人于江畔，煮酒论天下。巨子认为黎民百姓如今生活在水深火热的根本原因在于秦国沉重的徭役和赋税，巨子称赞扶苏是个有勇有谋、心怀仁义的贤者，自己安排此次会面的目的正是想与扶苏结盟。一旦结盟达成，墨家会竭尽全力辅佐扶苏登基，然后由扶苏大行仁政、轻徭薄赋，让天下百姓得以休养安息。
扶苏猜测墨家与当年荆轲行刺的事情有关，得到巨子的证实后，扶苏无法接受墨家曾经设计行刺自己父亲秦王，婉言拒绝了巨子的盟邀。
听见大司命说要带天明去咸阳，月儿担心天明的安危，辞别少羽和班大师，一路快马加鞭，终于赶在马车之前找到了江边的巨子。月儿向巨子汇报天明被阴阳家的人带走，巨子怕天明卷入阴谋，安排小植和高月找韩信帮忙解救。
在公子扶苏的帮助下，韩信带领墨家弟子设陷阱，将天明从少司命的手中救出。
月儿一直照顾昏迷的天明，自己却忘记了吃饭。巨子带着蝴蝶糕给月儿吃，却令月儿想起年幼时与父亲度过的愉快时光。其实，巨子就是月儿苦苦寻找的父亲，见月儿伤感，他几乎就要将真相和盘托出。但为了不给月儿带来危险，最终巨子还是放弃了。
从月儿那里得知天明的记忆已经恢复，正在为盖聂是自己的杀父仇人而苦恼，巨子安排公子扶苏与天明见面。
十三年前，天明与扶苏本是关系最好的皇子。荆轲刺秦失败，天明失踪以后，扶苏一直都在四处寻找着天明，如今扶苏和天明终于得以相见相认。
天明询问扶苏，当年是否是盖聂杀了荆轲，得到了扶苏的肯定。但是，扶苏认为盖聂是个侠义之人，这么做必定另有隐情。