共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
原来这一切，都是蓉儿为庆祝盖聂生诞的惊喜。蓉儿给盖聂三个绣着鸳鸯的锦囊，并告诉他，三个锦囊代表他可以提三个愿望，不管何时何地，自己都会无条件答应他。盖聂感动的说要报答她，蓉儿让他不要忘了“总有一天两人会一起归隐山林”的承诺，盖聂笑着说自己不敢忘。
天明带月儿玩竹蜻蜓的时候，收到了扶苏的飞鸽传书。扶苏被贬到上郡督建直道遇到了几个问题，一个是与蒙将军意见相左，另一个是被子午岭的石山阻隔，工程无法顺利进行，所以请求墨家相助。经过商议，留下小植，天明盖聂等人带着月儿快马加鞭赶往直道。
蒙将军逼扶苏采纳自己改道的建议，扶苏让他再给自己三天的时间。三日后，墨家众人抵达直道。一路车马劳顿，盖聂等人都略显疲态，蒙将军嘲笑扶苏请来的人是老弱妇孺。扶苏带盖聂等人到子午岭查看地形，说出自己怕改道会加重百姓负担的担忧。经过粗略的观察，子房（张良）心中已经有了大致的办法，让扶苏再为自己争取三天时间。
经过三日的勘察，子房提议炸开石山，蒙将军说他是痴人说梦，起身要走，被盖聂劝住。子房以房屋做对比，向众人讲解炸掉石山“梁”和“柱”的办法。蒙将军又针对子房的办法，提出了具体的问题。盖聂向蒙将军解释，可以由力大无穷的天明，扛着班大师最新设计的“钻山甲”，在每个梁和柱的点上钻出管道，然后再放入班大师用猛火油特制的炸弹，最后只要同时引爆所有炸弹就大功告成了。蒙将军仍然觉得他们在痴人说梦，扶苏以性命担保，为盖聂等人争取到了时间。
扶苏回到帐中，见到和自己一同受苦的儿子子婴，心中不忍。子婴是个如父亲一样胸怀天下百姓的人，愿意一直陪伴扶苏。
为了不负扶苏的信任，盖聂等人都认真执行子房的计划，尤其是班大师，没日没夜的制造钻山甲。终于皇天不负有心人，一切都准备就绪。
天明跟月儿回忆闯试炼之路的事情，并教她如何向流星许愿。
天明与盖聂配合，一个人用钻山甲，另一个人填放炸弹。正在一切都按部就班进行的时候，突然出现意外，山体炸裂，天明被弹开。