共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
天明询问公子扶苏对盖聂的看法，扶苏告诉他，盖聂心怀侠义行事磊落，是个难得的君子，自己之所以能够打消顾虑与巨子相谈，一方面是因为对墨家理念的认同，更重要的原因则是出于对盖聂的信任。
得知天明是被大司命劫持到咸阳来的，扶苏十分担心。他告诉天明，阴阳家表面上超然世外，实际上最善于蛊惑人心，让天明以后多加提防。
一边是自己从小就仰赖的大哥，一边是拿着父亲信物的大司命，天明思绪越来越乱，不知道究竟应该相信谁。巨子看出了天明的苦恼，建议他直接去问盖聂，又叮嘱天明不要活在过去，要通过自己的努力走出一条真正属于自己的路。巨子的话令天明十分感动。
天明的失踪令东皇太一十分生气，将少司命关押入牢。大司命对少司命一直关爱有加，请求东皇太一给少司命一个将功补过的机会。少司命使用沾有天明血液的手帕做法，找到了被藏在金万两（巨子）府内的天明。少司命发现了金万两的真实身份是巨子，汇报给东皇太一。
东皇太一派大司命行一石二鸟之计，捉住天明和巨子，却没有料到早有人向巨子告密，导致行动失败。东皇太一怀疑是少司命通风报信，用读心术查看了她的记忆，得知告密者并非少司命。通过读取记忆，东皇太一还发现了少司命对天明的感情，以及她在洛阳放走天明的事情，欲下令杀掉少司命，被大司命拼死拦住。
少司命被东皇太一处以鞭刑，大司命心中疼惜无比，却不敢表现出来。少司命告诉大司命自己对天明的感情至深，已经不可能回头。大司命冷言劝少司命不要放弃希望，只有活下去才能让天明知道这份爱意。
月神与大司命一向不合，在看出大司命对少司命的喜爱后，三番五次的用语言刺激他，却反被其嘲笑“身为月神，却干着侍女的活”。
大司命建议东皇太一将金万两就是墨家巨子的事情告诉秦王，然后借秦王之手剿灭金氏商社，杀掉巨子。东皇太一认为这个方法可行，引导自己的学生胡亥（秦始皇之子，扶苏之弟）帮自己达成借刀杀人的计划。
盖聂等人回到了终南别馆，得知天明失踪，众人都非常担心。急性子的蓉儿立刻就要前去咸阳寻天明，恰好在门外见到小植带着天明和月儿回来。再次相聚，大家都很高兴，唯独天明对盖聂心存芥蒂，一直闷闷不乐。
巨子托小植带封信给盖聂，告诉他，天明的记忆已经恢复，叮嘱他不要再把天明当成小孩子，尽快将真相告诉给天明。