共58集
战国末期,荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托,护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷,盖聂一人击退三百秦国铁骑,秦王震怒,命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄,卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下,为夺得天下第一剑的名号,卫庄答应了李斯的要求,殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时,身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”,“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上,盖聂与天明结识了墨家众高手,以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月,一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间,集结了墨家深厚的智慧,是天下所有反秦势力最后的堡垒,它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城,赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨,继而又用权力诱惑卫庄,让他相信只要胡亥登基,卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城,秦王派出庞大的精锐之师,卫庄找到了公输家族的掌门公输仇,公输仇与墨家世代为仇,机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动,一时间,机关城内杀机迭起、暗流涌动。
天明被少羽拉到了岸上,非常不甘心。少羽告诉天明和月儿,那个老头儿似乎对墨家有仇。月儿根据机关手,分析他可能是公输家的人,建议三人将情况报告给班大师。为了避免再遇公输班,三人计划从水路游向墨规池。
两个班大师打得不可开交,情急之下墨玉麒麟亮出了自己的兵器被班大师识破。班大师扯掉了墨玉麒麟的面具,却被他跑掉了。
锤哥舞动自己的武器,欲阻拦卫庄等人。卫庄安排易夫子对付锤哥,自己带着蛊娘继续前进。卫庄看出墨家在为炸掉水坝、重启机关而拖延时间,为了防止对自己不利,卫庄吩咐蛊娘去机关城各处制造骚乱。
易夫子用隐身术偷袭,锤哥无计可施,正在救助伤员的张良听到易夫子的声音,赶紧前去帮助锤哥。易夫子是张良的师兄,对师傅(黄石公)将兵法传给张良,并且将自己逐出师门的事情一直耿耿于怀。张良用扇尾割破手掌,将血洒在四壁上,破掉了易夫子的障眼法。锤哥用自己的绝技雷神锤,将易夫子击落深渊。
蛊娘用铃铛控制蛊虫侵蚀墨家弟子的身体,情急之下蓉儿用灯火点燃了灯笼的木架,试图驱赶蛊虫,收效甚微。蛊娘现身,急速摇动铃铛,蛊虫全部向蓉儿聚拢,将其逼到了墙角。木架燃烧殆尽,蛊虫袭向蓉儿。盖聂顺着铃铛声,找到并救下了蓉儿。盖聂用剑毁掉了铃铛,误杀了蛊母,蛊虫反噬,与蛊娘同归于尽。盖聂向蓉儿认错,蓉儿说不会轻易原谅他后,跑走。
中毒的雪女不敌赤练、白凤的联手合击,小高及时赶来相助。四人打了平手,正在僵持之际,白凤带着重伤的赤练逃走。雪女告诉小高,自己中毒已深,怕是今后不能陪他寻找未来的意义了。小高割破了两人的双手,为雪女运功过血争取时间。运功过血会耗尽小高的内力,而且稍有不慎,他也可能中毒。但是为了留住雪女,他什么都愿意做。
白凤喂赤练吃药,被拒绝,二人又为了卫庄的事情争执不下。赤练不顾身上的伤,执意去找卫庄,白凤不得已跟了过去。
小植带墨家弟子偷袭秦兵成功,正要去捣毁堤坝,被巨子拦住,带回了机关城。
天明三人刚游上岸就被班大师控制住,为了证明自己不是墨玉麒麟,三个人纷纷抖出了班大师的小秘密。月儿将遇到公输仇的始末讲给了班大师,班大师跟众人讲起了四十年前发生的事情。
班大师原本非常敬佩自己的两位师兄,直到有一天,已经成为巨子的大师兄(六指黑侠)将小九就是公输仇的事情告诉了他。大师兄怀疑小九拜入墨家是为了进入密室禁地,窃取墨家制造机关术的核心机密,班大师相信二师兄是清白的,于是与大师兄打赌。
大师兄诈死,班大师负责将钥匙随遗体葬入禁地的假消息传给公输仇。公输仇闯入禁地试图盗取钥匙,被大师兄刺伤,而这一切都被躲在一旁的班大师看到。班大师仍然不肯相信二师兄会背叛师门,公输仇却告诉他,自己对他们根本就没有任何兄弟感情,自己的目的就是要灭掉墨家,为公输家一雪前耻。大师兄命令捉拿公输仇,班大师坚持劝公输仇留下,公输仇推开班大师的手跑走。