共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
大司命曾经答应少司命，等一切都结束了，他愿意抛弃所有跟她一起走。少司命的离去令大司命后悔当年带她走上这样一条路，大司命在心中承诺，要为她报仇。
天明用玉煞之力杀死了所有追杀他的人，昏厥倒地后，被盖聂救回。
月儿的一部分意识被天明唤醒，回到阴阳家后情绪十分不稳定，赵高让月神（素影）再用碎魂迷心阵加强对月儿的控制。大司命用刀割破自己的手臂，假装被天明所伤，赵高让他下去休息。
盖聂等人为少司命立了无字碑，在她的坟前祭奠。天明单独在坟前，回忆儿时与少司命的交集。天明说自己一点都不恨她，她能帮忙救月儿，令自己非常感动，愿来生还能有缘再相识。
方士学馆的大火令秦王非常不悦，见圣女所炼的丹药完好无损，秦王决定不再追责卢生，并加派三百精兵守卫学馆。
月儿被绑在架子上，碎片般的回忆渐渐涌出来。意识混乱的月儿对正在施法的素影，不断的说“娘，救我”。月儿在承受了剧痛后昏厥不醒，素影流出泪水，跑到碧华的石棺边，出现幻觉，见到碧华责问自己为什么不让她死得安宁。盖聂等人正在商量再救月儿的事宜，天明感知到月儿的痛苦，也昏厥过去。
大司命告诉盖聂等人，秦王现在的喜好，一是炼丹求药，二是喜欢祥瑞现世。小高想出了一个险中救人的方法，先由自己写一首颂秦的曲子，再制造相应的祥瑞献入宫中，秦王一定会召自己进宫演奏，最后由扶苏建议圣女祈福，众人就可以趁机偷梁换柱，救出月儿。盖聂不想小高涉险，坚决反对。雪女说救出月儿，就可以阻止赵高的阴谋，拯救天下苍生。小高请求让他为了自己的目标自由自在一回，盖聂不得不同意。
小高为自己的决定让雪女涉险而抱歉，雪女说既能救出月儿，又能解开他的心结，自己很高兴。雪、高二人按计划在咸阳城内四处演奏，上至达官下至百姓，都十分喜爱。盖聂和小高找到扶苏，说出计划，请求帮助。扶苏说自荆轲行刺一事后，自己不想再有宫外的陌生人靠近父皇，婉言拒绝。小高指责扶苏以私利为上，并说出盖聂的父亲是被嬴政所杀，而盖聂信守承诺，深处秦宫十几年从未对秦王和公子们不利，更不计前嫌向巨子推荐扶苏的事情。盖聂说月儿身上有着特殊的力量，与天明息息相关，若被赵高利用，将会导致朝堂震荡，山河大乱，最后受苦的还是黎民百姓。盖聂劝扶苏为了天下苍生，再考虑一下他们的计划。