共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
少司命求大司命救自己，赵高催促手下人快点动手。见少司命被绳索勒住脖子太痛苦，大司命请求赵高允许自己了结少司命。大司命将其杀死后，吩咐下人将她埋在乱坟岗。赵高命令大司命将圣女祈福仪式的场面弄大，方便引诱天明上钩。
蓉儿，盖聂和天明来到祈福仪式，见到月儿为百姓洒圣水祈福、治病。天明不明白月儿为何会这些法术，盖聂说要先观察。天明急着救出月儿，鲁莽出手，盖聂察觉到有埋伏，在千钧一发之际将天明救出。三人逃到乱葬岗，天明怪盖聂阻拦自己救人，盖聂罚他打坐调息，好好想想其中的利害关系。天明在打坐时，听到少司命微弱的求救声。大司命藏在暗处，见到天明、蓉儿和盖聂将埋在土里的少司命救出。
原来大司命早在多日前，就借送饭为由将假死药丸藏于饼中送给了少司命。少司命在被杀前吃了药丸，得以保命。盖聂怀疑少司命被阴阳家杀死，是赵高的计划，少司命在解释时，由于身子虚弱，咳出血来。蓉儿不忍，答应收留少司命。
大司命向赵高汇报天明在仪式上被盖聂救走，赵高吩咐他按计划行事。
盖聂问蓉儿为何收留少司命，蓉儿分析她没有理由和动机骗自己。夜深人静，大司命派鸟儿将少司命叫到外面，告诉她已经获得自由，并说若能让天明死了救高月的心，她就能过上自己想要的生活。盖聂一直提防少司命，听到了两人的交谈。
天明从少司命那里没能得到关于月儿的消息，十分沮丧。天明问何时才能去救月儿，盖聂说只能等赵高露出破绽，或想出奇招攻其不备，而且要想掌握月儿的动向也需要时间。天明担心拖得时间越长，对月儿越不利，真情化作泪水，夺眶而出。少司命在水边练习法术，发现法力并没有完全恢复，离开时听到了两人在林中的谈话。
为救月儿，天明更加刻苦的跟盖聂学习武功，而且每天都在木牌上刻线算日子。少司命不忍看到天明伤心的样子，吹响哨子联络上大司命。大司命没想到天明对少司命的感情视而不见，竟然一直都在惦记高月，很生气。少司命告诉他，自己对天明的感情不是喜欢，而是羡慕，自己想在离开前，最后再帮天明一次，找回高月。大司命对少司命的请求从来都无法拒绝，于是警告说，若想救高月，决不能硬闯祈福仪式。
蓉儿发现天明又失踪了，与盖聂一起到祈福仪式上寻找。少司命使计，拦住了要硬闯仪式的天明，并告诉他自己有办法救高月。回到藏身处后，少司命告诉天明等人，除了皇宫和祈福仪式，月儿还会出现在方士学馆。方士学馆的大总管卢生，正是赵高安插进去的人，为了投秦王所好，月儿每隔一段时间都会被安排去为炼丹祈福。少司命的计划是通过考核混入学馆，伺机救人。盖聂说他们三人不会方术，并且除了蓉儿，所有人赵高都已经见过。少司命说自己学过一种法术，可以用药使自己变老。