共58集
战国末期,荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托,护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷,盖聂一人击退三百秦国铁骑,秦王震怒,命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄,卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下,为夺得天下第一剑的名号,卫庄答应了李斯的要求,殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时,身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”,“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上,盖聂与天明结识了墨家众高手,以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月,一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间,集结了墨家深厚的智慧,是天下所有反秦势力最后的堡垒,它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城,赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨,继而又用权力诱惑卫庄,让他相信只要胡亥登基,卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城,秦王派出庞大的精锐之师,卫庄找到了公输家族的掌门公输仇,公输仇与墨家世代为仇,机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动,一时间,机关城内杀机迭起、暗流涌动。
大司命正要说出自己的办法,突然听到有人进入,大司命将天明藏进柜子里。赵高挥退大司命,与丞相李斯谈论秘不发丧后,下一步该怎么办。李斯认为应该通知长公子扶苏早点回咸阳主持大局,赵高告诉他自己将始皇立扶苏为太子的遗诏扣押在手中,他认为由胡亥继位更合适。李斯反对赵高擅作主张,不愿与他沆瀣一气。赵高告诉他,自己在数日前已经派人传诏上郡,告知立胡亥为太子,命扶苏自尽谢罪。在赵高的威逼利诱下,李斯只得同意了他的安排。
赵高接见了扶苏派来的使臣,想要用三言两句将其打发走,使臣坚持要当面禀报始皇,赵高以皇帝卧病为由拒绝了他的请求。使臣决定当晚赶回上郡,李斯心虚,担心他猜到皇帝驾崩之事,赵高赞李斯心思缜密,立刻派人前去追杀使者。
赵高和李斯离开后,大司命将天明从柜子里放出,并将少司命的混元珠交给他,告知让高月贴胸佩戴,可以暂时抵御玉珪之力的侵蚀,但最多可以延长三年的寿命。
天明离开始皇的队伍后,一路快马加鞭追赶扶苏的使臣,无奈追上时,使臣已经遇害。使臣拼尽最后一口气,让天明赶快将皇上驾崩的消息告诉扶苏。
扶苏和蒙恬接到赵高送来的假圣旨,圣旨上说公子扶苏身为人子而不孝,刺剑以自裁;蒙恬身为人臣而不忠,一并刺死。蒙恬不信始皇会下如此命令,要求验玺印。经验证,玺印是真的,扶苏不知赵高已经掌握了玉玺,只得跪地领旨。蒙恬仍然不信,与使臣拔刀相向,被扶苏拦住。蒙恬要扣押使臣,率兵护送扶苏回咸阳与始皇当面问个清楚。扶苏悲观的认为无论怎么做都是徒劳,蒙恬说自己愿挥师攻入咸阳,取下赵高的狗头,以正国法。扶苏不愿引起战乱、骨肉相残,决意领旨,蒙恬大叹公子糊涂。蒙恬找到盖聂等人商议,说自己要去咸阳面圣讨说法,托盖聂保护扶苏的安全。
传旨的特使被蒙恬的士兵拘押,大发雷霆,谁也没有留意到有两个赵高派来的杀手已经偷偷离开了营帐。其中一名杀手,趁扶苏给始皇写信之时潜入帐中,逼扶苏自裁。危急时刻,盖聂赶来将杀手击毙,另一名杀手见到同伴被杀,四处大喊扶苏杀人,意图谋反。特使带来的士兵与蒙恬的士兵呈剑拔弩张之势,盖聂要带扶苏离开,扶苏执意不走,争执中,扶苏被赵高手下的弩箭射伤了肩膀。扶苏不忍将士们自相残杀,挥剑自杀,临死前仍然嘱咐蒙恬辅佐胡亥善待天下百姓。
天明一路奔袭,终于回到了子午岭,却得知扶苏已死。天明将得到的情报告诉盖聂,被一心想要为父报仇的子婴听到,子婴不顾盖聂的阻拦,执意回咸阳报仇。
蒙恬被赵高用奸计囚禁于阳周,失了兵权。东巡车队回到咸阳,胡亥主持发丧,而后顺理成章登基继位。赵高任郎中令,自此权倾朝野。子婴被送回咸阳,为了让赵高放下戒心,不惜装疯卖傻,口吞碎碗。
扶苏死后,墨家失去了辅佐的目标,盖聂也因再失益友而整日借酒浇愁。刘季讲了自己的故事,开导盖聂可以反抗暴秦,挽救天下。
蓉儿见不得盖聂再次消沉,说这个世界并不适合所有人,劝他跟自己隐居。