共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
盖聂突然的坦诚令蓉儿措手不及，连连质问盖聂自己凭什么嫁给他，盖聂从怀中拿出了那日被扔进池塘的最后一个锦囊，提醒墨家医仙要言出必行。原来，那日蓉儿离开后，盖聂立刻跳进池塘，费了一番功夫将沉入水中的锦囊找了回来。盖聂的真心将蓉儿感动，两人依偎在一起。
赵高在秦宫的大殿中上演了一出指鹿为马的大戏，胡亥感受到来自赵高的威胁，深夜做起了自己被赵高所杀的噩梦。赵高为惊魂未定的胡亥梳头、擦拭双手，解除了胡亥的恐惧和戒备。在赵高的安排下，胡亥接受了太卜令移驾望夷宫斋戒、祭祀的建议。眼看大业将成，赵高飞鸽传书大司命，命他携乾坤玦速回。
天明与月儿、盖聂与蓉儿在镜湖医庄一同拜堂成亲，在饮下合卺酒时，月儿身体出现不适，昏厥过去。蓉儿诊脉过后，告诉天明混元珠的力量已经用尽，不能再保护月儿。天明握着月儿的手，一直哭着重复不会有事的，盖聂和蓉儿在一旁也无计可施。大司命突然来到屋内，说自己有办法救月儿。为了替少司命报仇，大司命在暗中搜集羲氏一族遗失的典籍残页，发现了一个可以将玉煞和玉珪之力两相抵消的阵法，但是需要天明和月儿随自己去面见赵高。天明和盖聂还有疑虑，大司命告诉众人，若想救月儿，就必须完全相信自己，除此之外别无他法。
蓉儿熬制续命汤的续命山参已经用尽，月儿的身体也渐渐的出现冰冷麻痹，天明怕自己会永远失去月儿，求蓉儿同意大司命的计划。蓉儿心中仍然不放心，天明却说自己相信大司命是个重情重义之人，无计可施的蓉儿只得答应天明的请求。
天明说自己不知道此行会遇到的究竟是陷阱还是奇迹，若是陷阱，他和月儿就会一同了断。天明将墨眉交给盖聂，嘱咐他在自己遇到不测后将剑传给最适合带领墨家的小植。临行前，天明跪地拜别盖聂，感激他一直以来的照顾。
大司命说月儿在阴阳家的时候，宁死不屈，怕这次天明和月儿的投奔会令赵高生疑，所以建议月儿仍然装作心智未恢复时的模样。
少羽连连击败章邯的军队，终于使无路可走的章邯带领秦兵投降。
少羽与虞美人共乘一骑在野外散步，虞美人问他为何不杀掉章邯为项梁报仇，少羽说与其杀了章邯，不如让他时刻记着兵败称臣的耻辱。两人回忆起最初在机关城的事情，感激命运的安排。两人说出了心中对彼此的爱意，少羽高兴的将虞美人抱起，虞美人在花丛中翩翩起舞，为他唱了一曲家乡的歌曲。