共58集
战国末期,荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托,护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷,盖聂一人击退三百秦国铁骑,秦王震怒,命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄,卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下,为夺得天下第一剑的名号,卫庄答应了李斯的要求,殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时,身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”,“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上,盖聂与天明结识了墨家众高手,以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月,一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间,集结了墨家深厚的智慧,是天下所有反秦势力最后的堡垒,它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城,赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨,继而又用权力诱惑卫庄,让他相信只要胡亥登基,卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城,秦王派出庞大的精锐之师,卫庄找到了公输家族的掌门公输仇,公输仇与墨家世代为仇,机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动,一时间,机关城内杀机迭起、暗流涌动。
公输仇想要逃出机关城,慌乱中触发机关,眼看就要跌下深渊,班大师将其拉住,机关无情的合拢,夹断了两人的手。后来,班大师和大师兄(六指黑侠)从师傅的手札中得知,师傅早就知道小九的真实身份,他从未对外声张,更是把墨家最顶尖的技术全部传授给了小九,想用善念感化小九,也想以此化解公输家和墨家的百年恩怨。
大师兄认为自己违背了墨家仁爱的原则,一生都很自责。大师兄拒绝下葬,他要在当年的密室中坐等公输仇回来,把密室的钥匙亲手交给公输仇。
班大师告诉大家,世上不存在墨家秘籍,墨家机关术的真谛就是抛弃一切,返璞归真,用大爱之心去创造无限可能。
天明认为真谛说来容易做来难,自从被迫舍弃玉煞之力,自己得到的只有痛苦、失落和自卑,更没有人认可自己。好不容易有个可以证明自己的机会,却没有想到是公输仇的骗局。班大师告诉天明,决定一个人是否强大,取决于他的内心。
盖聂和蓉儿也回到了墨核。盖聂拔剑在地上写了个“侠”字,告诉天明真正的大侠是能够拼尽全力保护他人的人。天明答应盖聂,自己会振作起来,努力去做一个内心强大的侠义之人。
小高、雪女、张良相继回到墨核,得知没有人截住卫庄,盖聂决定亲自前往阻拦。盖聂找到了卫庄,由于不同意盖聂对七杀门理念的阐释,卫庄主动出手,誓要在此决出胜负。盖聂只守不攻,被卫庄斩断了渊虹宝剑。
蓉儿担心盖聂有危险,跑去找盖聂,小高和小植也追了上去。
盖聂向卫庄认输,希望他杀了自己,放过墨家,卫庄不同意。盖聂使出百步飞剑,将卫庄彻底击败。卫庄不信自己会败给断剑,盖聂告诉他,真正的剑客,即使没有剑,依然是剑客。见卫庄失败,白凤掷出白羽,欲偷袭盖聂,被赶来的蓉儿挡住。
盖聂等人带着蓉儿回到墨核,月儿给她上药止血,脱离危险。巨子回来,分析了现在的形势,为了不让大家白白牺牲,决定放弃机关城,成就公子扶苏。
巨子的计划是说服墨家子弟放弃机关城,开启自毁模式,将卫庄等人埋葬,再由扶苏调用自己的兵力,解救困在机关城的秦兵。如此一来,就可以为扶苏建立功劳,博得秦王的欢心。
白凤想要带卫庄走,被不甘心的卫庄推开。公输仇找到卫庄,告诉他,自己还有办法毁灭机关城。墨玉麒麟将巨子的计划告诉了卫庄,为了报复盖聂,卫庄决定毁掉墨家的逃生之门。
机关城正在崩塌,赤练四处寻找卫庄,白凤劝阻不得,只好将其击晕,逃出城中。
巨子和班大师共同用钥匙开启了墨核中的毁城机关,然后众人逃上了升降梯。卫庄用剑止住了轴心的转动,破坏了联动机关,唯一的办法是打开墨规池深处的玄武闸。玄武闸重达万斤,常人无法扳动。天明想到了体内的玉煞之力,为了救出大家,他告别月儿跳入了墨规池。
天明在池底不断捶打自己的胸口,激发玉煞之力,终于将玄武闸扳开。