共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
小植收到盖聂的来信，告诉少羽他们已经救出月儿，正在赶回芒砀山。项梁在吴中的计划失败，积攒的钱财也都被秦兵收缴，带着剩余的族人来找少羽。得知墨家要辅佐的人是扶苏，愤怒的项梁说墨家背信弃义，要去理论，被少羽安抚住。吴中计划的失败和墨家的意向，令少羽苦闷非常。
少羽带着墨家弟子迎接天明、盖聂等人，却发现小高和雪女牺牲，月儿失去意识，盖聂只知喝酒。天明向少羽解释月儿的遭遇，少羽安慰他，并将墨眉还给天明。天明说自己还要照顾月儿，托少羽再帮自己打理一段时间。
盖聂整日对着雪女和小高的剑和萧饮酒弹琴，刘季有意结交盖聂，盖聂对其却不冷不热。蓉儿不忍盖聂一直沉浸在悲痛中，建议为雪高二人建衣冠冢。衣冠冢建好，盖聂又开始喝酒，蓉儿见他仍旧消极，想要将其打醒，却反被抱住。盖聂告诉她，自己感受到天人永隔的痛苦和孤独，不知今后该何去何从。蓉儿劝他向前看，并承诺自己会一直陪伴他。
月儿的脉象表面平和却暗藏死寂，蓉儿推测月儿遭受了难以想象的折磨，开启了自我保护，封闭了神识，所以看上去像一具没有感情的傀儡。蓉儿告诉天明和少羽，月儿现在是心病，没法治，只能等她自己走出来。
少羽奇怪为何月儿只认识天明一人，天明猜测跟玉煞、玉珪有关，少羽说自己不信这些乱神怪力的说法。少羽从山上采来月儿最爱的花，却把月儿吓得缩进了墙角。少羽武功高强，又颇负领导才能，墨家弟子对他非常拥护。天明每天为照顾月儿精疲力尽，导致开会时睡觉，练功也常常被打断，令墨家弟子心生怨言。项梁说少羽适合巨子之位，也更得墨家弟子的拥护，少羽告诉叔父，天明是巨子的事情谁也无法改变，劝他不要乱想乱说。
少羽替天明给月儿洗头，又将月儿惊吓到。墨家首领会议，天明迟迟不到场，项梁借机冷言嘲讽，小植告诉他，墨家弟子都会无条件尊重身为巨子的天明。项梁讨了个没趣，心中仍又不快，却在听见小植说要回机关城挖宝藏的时候来了精神头。
天明无意中听到墨家弟子对自己的不满，萌生了少羽比自己更适合当巨子的想法。盖聂告诉天明，少羽和墨家理念不同，不是同路人，所以前代巨子才将墨眉传给他。盖聂让天明信守对前代巨子的承诺，不要再想退位的事。
项梁在墨家弟子中间说天明没有好好领导墨家，少羽不满叔父的做法，劝他再给自己点时间，说服天明和墨家帮助项氏一族。