共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
扶苏被盖聂心怀天下，为大道忘私欲的情怀感动，承诺自己会全力相助救出月儿。在盖聂等人的安排下，方士学馆附近的采药人发现了有字的白石头，在盖聂的建议下，采药人将石头抬到了方士学馆。见白石上天然形成了“万世永袭”四个大字，冯生喜出望外，赶紧用钱遣散了采药人，将预示着祥瑞的白石展示给卢生。
赵高和卢生将白石进献给一直被头痛困扰的秦王，秦王见到祥瑞后大悦，扶苏借机说坊间流行一首曲子，里面也有“万世永袭”四个字。卢生抢在赵高之前，建议秦王在欣赏白石祥瑞、颂词佳曲的同时，再请圣女祈福保佑大秦。秦王将祈福等事宜交给卢生和扶苏办理。
因为卢生抢了自己的风头，赵高心中十分不快，云中君建议惩罚卢生。赵高认为把一切都交给卢生去办，他得意忘形后，必定会授人以柄，自己不需操之过急。
秦王下旨，召小高入宫演奏。小高为守对扶苏的承诺，没有带贴身宝剑水寒。雪女将跟随自己二十多年的缠枝莲纹佩交给小高，希望能保佑他平安归来。小高向雪女提亲，雪女答愿意。
卢生向扶苏介绍祈福仪式的流程和现场布置，扶苏趁机研究观察地形。夜晚，扶苏向盖聂等人讲解自己的计划。仪式中会有特定时间点燃烟火制造腾云驾雾的效果，天明可以扮作禁军混入祭坛，救下高月。而秦王的位置与祈福台相隔甚远，看不清圣女的样子，所以雪女可以先假扮圣女旁边的仙女，在月儿被救走后再顶替圣女，最后由盖聂和蓉儿在城墙外接应。
扶苏将天明和雪女带进宫中，天明和雪女按计划就位。典礼当天，小高将雪女赠与的玉佩挂在了琴上，秦王说时辰未到，让小高先奏一曲。小高技艺精湛，博得了秦王欢心，让他坐在离自己更近的地方演奏。
仪式开始后，秦王兴致高昂赋诗一首，众人跪地称颂，祈福台上放起了烟花。雪女按计划击晕了月儿，天明将月儿背走。云中君发现祈福台有异，向赵高汇报，小高听见了二人的谈话，怕对雪女不利，以琴为武器，袭击秦王。秦王将琴击碎，无数秦兵赶来，将小高围住。赵高劝秦王暂避一下，秦王坚持要亲眼看小高如何死在刀下。
小高夺取了一名士兵的佩剑，向秦王直刺而去，扶苏担心秦王，惊呼父皇。