共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
月儿为蓉儿刺破指尖放毒，并擦了退烧药。第二天，蓉儿身体好转，与盖聂和好如初。
盖聂与天明谈心，为曾经的隐瞒和不理解而抱歉。天明的心结被解开，感谢盖聂一直以来对自己的照顾，并承诺要做一个像盖聂一样顶天立地的大侠，保护好爱自己和自己所爱的人。两人谈到卫庄，盖聂依然把卫庄当做自己的兄弟，想到他被埋葬到机关城，心中十分难受。
小植、锤哥和少羽带着几个弟子打算回机关城的废墟查看，一路上锤哥都在埋怨天明，对巨子（鞠玄）的决定不服。少羽感到不自在，与墨家众人分开前进。小植让锤哥在天明和盖聂面前收敛些，毕竟天明已经是巨子，锤哥说自己不认可天明。两人的谈话被躲在废墟后的白凤听见。
赤练不相信卫庄已死，白凤在江边发现了昏迷的卫庄。赤练将卫庄唤醒，发现他的腿已被砸断。少羽还在为墨家扶植扶苏而不是自己郁闷，走到江边时看到了卫庄等人。少羽拔剑要为死去的墨家弟子报仇，赤练挑唆少羽，说墨家是不会为项家做事的，他没有立场和理由对付卫庄。少羽嘴上不承认，但还是默认了赤练的话，放走了卫庄等人。
赵高收到亲信发来的飞鸽传书，得知聚散流沙全军覆没，扶苏营救了胡亥的军队，十分生气。大司命怕赵高迁怒于少司命，让她想想，是否遗漏了一些事情，或许可以将功补过。少司命想起在洛阳城废宅的后门，她将受玉煞之力冲击而神志不清的天明送回了正在昏迷的高月身边。可是等高月醒来，抱住天明，天明就突然什么事都没有了。高月既没有对天明进行治疗，也没有使用药物，少司命感到十分奇怪。大司命怀疑高月就是遗失多年的玉珪，私自放走少司命，让她将高月捉回，戴罪立功。大司命嘱咐她，如果抓捕高月失败，就不要再回到阴阳家，走得越远越好。一切都被躲在监牢墙后的月神听到。
素影和碧华本是一对无名无姓的双胞胎孤儿，常被其他孩子欺负。东皇太一将她二人带回阴阳家，给起了名字，并且传授法术。二人长大后，东皇太一选中碧华作为圣女。素影嫉妒碧华既得到玉珪，又得到鞠玄的感情。为了得到渴望已久的权力和地位，她帮助碧华逃离了阴阳家。却没想到换来的是无尽的耻辱，东皇太一让她做月神，也是为了折磨她，素影认为自己的痛苦都是碧华带来的。
碧华被大司命带回阴阳家后，东皇太一用剑割破了她的手掌，想要使用读心术。碧华为了隐藏月儿，用东皇太一的剑刎颈自杀。素影得知高月还活着，并且继承了玉珪后，决定复仇。
墨家弟子将巨子葬于水上，月儿失去至亲，痛不欲生。夜晚来临，月儿抱着幻音宝盒怀念父母。天明安慰月儿，却被月儿看出了心事。天明告诉她，感到自己有所成长，但是很苦恼，不知接下来该怎么做。月儿说自己相信父亲的决定，对天明有信心。
天上下起了流星雨，幻音宝盒发光。月儿想起碧华曾说过，天上的星辰，就如同地上的音律，若是排列得当，就可以奏响独一无二的乐章。月儿转动宝盒，宝盒竟然缓缓飘起。