共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
大司命给聚散流沙增加酬金，带话说阴阳家掌门东皇太一希望卫庄亲自出马。
月儿带少羽和天明到仓库搬东西，突然被很多小虫围攻。天明灵机一动用火把逼退虫子。晚上，天明正对少羽喋喋不休地说虫子也是鬼变的，突然看到死去的勇叔提着灯笼在匆匆赶路。少羽带天明跟踪“勇叔”，发现他进入一间小屋，和铃儿会面。他们发现铃儿根本不是哑女，反而是一位深藏不露的高手。
少羽和天明把“勇叔”和铃儿见面的事告诉蓉儿。蓉儿决定把这几天死去的人挖出来重新尸检。在尸体里发现蛊虫，让大家更加怀疑铃儿。联想到上次在仓库受到的袭击，月儿推断他们会再次出手。
果然第二天铃儿来找月儿，比划有东西掉进井里，准备趁机把月儿推下井。早已埋伏在周围的项少羽出手阻挡。原来这铃儿正是聚散流沙派来的杀手之一蛊娘，而“勇叔”正是极善易容之术的墨玉麒麟。盅娘放出的盅虫让墨家弟子无法招架，她趁机要把天明带走，蓉儿带来药粉驱散了蛊虫。蛊娘在赤练的毒烟和白凤的飞鸽的帮助下逃走。
卫庄带着赤练和白凤亲临墨家鬼村，他们的任务是破坏鬼村的奇门遁甲术，为来剿灭鬼村的秦兵扫除障碍。
墨家和项氏一族共同抵御秦兵。天明去通知盖聂撤离。
卫庄直奔盖聂的住所。原来盖聂就是战国末年势力强大的七杀门的少掌门，而卫庄是七杀门掌门的义子。在七杀门的那场劫难中，卫庄冒着生命危险救下盖聂，自己却差点烧死。七杀门掌门让自己进入死门的阴影，盖聂的七杀门少掌门、鬼谷子关门弟子身份和盖聂掌握的百步飞剑都让卫庄对盖聂充满怨恨。
盖聂想用自己的一切补偿卫庄，卫庄脱下自己的头罩，用满头的白发向盖聂证明，他卫庄已不可能原谅盖聂。盖聂和卫庄决斗，眼看大伤未愈的盖聂被卫庄的真气震得口吐鲜血，被赤练抓住的天明，身上的异能突然被激发，竟和卫庄打得不分上下。