共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
蓉儿读信后，得知小高和雪女已经带着墨家弟子与盖聂汇合。蓉儿在信上告诉盖聂，救人最好的时机就是月儿在丹房的时候，但月儿就像吃了mi药一样，与平日完全不同，为了防止月儿不配合，蓉儿打算火烧丹房，弄大动静分散守卫的注意力。蓉儿决定下个月初行动，盖聂等人会找与学馆合作的商户，混入送货队伍，在后门接应蓉儿等人。
天明半夜内急，在茅房站着撒尿时遇到了冯生，为免节外生枝，天明将其击晕带回房间。蓉儿用酒灌冯生，又将酒洒在他的衣服上，让天明将其送回茅房。第二天，冯生因为饮酒思春醉倒茅房，成为了全学馆的笑柄。卢生觉得冯生醉的蹊跷，偷偷观察天明，看到了他的喉结，又听见了他粗重的嗓音。天明偷走了炼丹用的硝石和硫磺，也被卢生发现。
赵高叮嘱卢生好好经营学馆，卢生汇报有人男扮女装混入学馆，怀疑此人正是天明，为了救月儿（圣女千泷）而来。碍于驻守学馆的皇宫禁卫，赵高不敢随意动手抓人。卢生推测天明等人会趁乱救人，建议赵高可以趁乱抓人。赵高认为这是个好主意，决定静观其变，后发制人，并派大司命前去坐镇。
蓉儿计划和少司命作为助手跟随月儿进入丹房，伺机用药迷晕月儿和随侍，然后推倒丹炉趁机放火，待场面大乱，由天明在房外掩护蓉儿等人，最后与盖聂的队伍汇合从学馆后门逃走。
到了月初，圣女千泷（月儿）被抬进学馆，天明因为与月儿有感应，身体出现疼痛。大司命早已答应协助救人，在少司命和蓉儿进入丹房时示意她们，计划有变，今天不要行动。天明在丹房外洒火药时被守卫发现，情急之下天明引燃了火药。蓉儿不得已只得按原计划进行，却发现月儿已经被掉包，意识到中了圈套，和少司命逃出丹房。天明用玉煞之力阻拦守卫士兵，体力不支倒地时，盖聂等人及时赶来接应。卢生为了应对天明的玉煞之力，提前准备了弓箭手，大司命担心少司命，用法术掩护天明等人撤退。
少司命认为目标分散，不容易被发现，建议大家分散逃跑，在乱葬岗汇合。众人分开后，少司命故意将追兵引向自己，到了河边，拼尽全力用法术冻住了追兵。灵力用尽后，少司命恢复了黑发少女的模样。
天明在逃跑的路上遇见被控制了意识的月儿，月儿用匕首刺伤了天明。天明揭下月儿的面纱，让她跟自己回家。天明受了重伤，倒在地上，月儿的意识恢复，头痛欲裂晕倒在天明怀中，阴阳家的人赶来，将月儿带走。
大司命找到了虚弱的少司命，让她赶紧离开，自己来掩护。少司命说会等大司命，却在离开时被赶来的弓箭手射穿了身体。少司命说做大司命的小徒弟，是她最幸运的事情。少司命死去，大司命仰天长啸，悲痛欲绝。