共58集
战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦王震怒，命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”，“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城，秦王派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。
盖聂在给天明传功的时候得知铁锤有危险，盖聂拜托小高和雪女去营救。蓉儿担心小高连自己都照顾不了，根本不能救人。盖聂说小高是七杀门的高手，自己信任他，并且希望他能早日解开心结。
蛊娘控制墨家弟子与锤哥自相残杀，小高与雪女赶到，雪女吹奏“白雪”，用制造的幻术将蛊娘击退，救下众人。小高向盖聂报告人已经救下，依然称盖聂为“少掌门”，并且说自己还是没有走出过去的阴影。盖聂告诉小高，他的行为帮助到了所有人，这就是他的价值。天明听见了盖聂和小高的谈话，暗下决心，要做一件惊天动地的大事来证明自己的价值。
蓉儿在忙着制药救人，张良自荐协助她。蓉儿安排张良把已经死亡的人周身撒上药粉，集中到一个地方，发现多了一具尸体，在求证其他弟子的时候，那具尸体却不翼而飞。蓉儿召集全体首领，通知大家墨玉麒麟已经混入了机关城内。墨玉麒麟最擅长易容术，小植提醒大家要提高警惕。
班大师带着几个弟子检查机关城的墨核，墨玉麒麟杀掉了其中一个弟子，伪装进队伍中，从背后刺伤了班大师。趁着混乱之际，墨玉麒麟又偷偷来到蓄水池附近，将早已准备好的鸩羽千夜倒入了池中。
蓄水池是存储备用水源的地方，有一个通往外界的天井，平时没有人来。蓉儿追随黑影来到了蓄水池旁，发现有脚印。担心有人下毒，蓉儿尝了尝池中的水，发现并没有异样，心生疑惑。
蓉儿向班大师和盖聂说出疑虑，班大师不以为意。有弟子来报机关城的水源被截断，没有水做为动力机关会失灵。班大师担心秦兵会趁机关失灵的时候攻城，赶紧吩咐弟子天一亮马上打开蓄水池的水源。联想到蓄水池边的脚印，蓉儿推测可能是鸩羽千夜，去阻拦弟子打开蓄水池，却为时已晚。
鸩羽千夜是失传多年的千古奇毒，只要不接触阳光，混了鸩羽千夜的水就与普通的水无异，可是一旦接触阳光，它就会产生剧烈的毒素，一旦吸入，可使人瞬间昏迷。赤练也是在偶然的机会下得到残方，将其炼制而成的。
卫庄安排在黎明动手，就是要让城内人身中奇毒，如果没有人来操控机关，机关城也不过就是一座死城。
由于事发突然，蓉儿暂时没有办法解鸩羽千夜的毒，但是发现服用百草丹可以避毒和治疗中毒未深的人，于是吩咐月儿挨屋去送解药。
盖聂等人商议兵分两路，一路由蓉儿和张良带领搜救伤员；另一路由小植、锤哥、盖聂带领，对秦兵进行反击。少羽和天明都积极要求加入队伍。