共58集
战国末期,荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托,护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷,盖聂一人击退三百秦国铁骑,秦王震怒,命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄,卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下,为夺得天下第一剑的名号,卫庄答应了李斯的要求,殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时,身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”,“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上,盖聂与天明结识了墨家众高手,以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月,一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间,集结了墨家深厚的智慧,是天下所有反秦势力最后的堡垒,它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城,赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨,继而又用权力诱惑卫庄,让他相信只要胡亥登基,卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城,秦王派出庞大的精锐之师,卫庄找到了公输家族的掌门公输仇,公输仇与墨家世代为仇,机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动,一时间,机关城内杀机迭起、暗流涌动。
蓉儿给天明诊脉,发现天明的病情恶化了很多,又奇怪他去咸阳做什么。询问月儿后得知天明已经知道荆轲是被盖聂所杀,受了阴阳家的蛊惑,所以才去了咸阳。经过月儿的提醒,蓉儿推测天明病情的恶化可能跟情绪有关。
盖聂来找天明,决定将当年的真相告诉他,却被蓉儿拦下。蓉儿告诉盖聂,天明的身体越来越弱,必须立刻治疗。怕真相会令天明情绪波动过大,使他身体情况变得更糟,蓉儿让盖聂暂时不要接触天明。
原来,蓉儿是在偷看赤练练功的时候想出了治疗天明的办法,她分析天明之所以会受内伤,是体质太弱的原因。如果天明的身体能够强大到承受住异能的冲击,他就可以控制住这股力量,而不用担心再受伤了。
强化天明的体质,需要高手为他传功,小植、雪女等高手都同意帮助天明。众人散去前,蓉儿再三嘱咐大家尽量不要让天明受刺激。
巨子要去终南别馆与盖聂议事,嘱咐韩信将商社暂挂歇业盘点的牌子,少生事端。巨子上马时发现缰绳断裂,见韩信有些担心,巨子安慰韩信等人说无妨,策马而去。
官兵闯进商社,要捉拿金万两(巨子)。商社弟子担心来者不善,转动门环留下了暗号,并由人快马通知巨子。
见巨子不在,大司命带领官兵血洗了商社。
韩信从金府取酒回来,发现了门上的暗号,偷偷从门缝中看到官兵在清理院内的尸体。大司命发现了门外的韩信,用火法术将其击伤。韩信拼死逃离了大司命的追杀,被金府的家老救下。
墨家弟子将官兵要查封商社的消息传给巨子,巨子返回商社,正中了大司命设下的圈套。大司命带着阴阳家的人施展了六离毒术,巨子不敌,身受重伤,被一个弟子拼死送出了大门。
月儿最近心事重重,总觉得巨子给她的感觉很像她爹。蓉儿知道巨子想隐瞒他与月儿是父女关系,于是劝月儿不要胡思乱想。
为了顺利修建长城、直道,秦王下令再多征三万民夫。扶苏担心徭役过重会导致民众生怨,秦王怒斥扶苏鼠目寸光。恰在此时,胡亥在赵高的指示下,将从金氏商社搜到的墨门令呈给秦王。得知金万两就是墨家巨子,秦王大发雷霆。胡亥主动请缨,被秦王封为大将,率锐士三千清缴墨家商社。
扶苏将巨子视作知音,命心腹去金府,将宫中的剿杀令传信给巨子。韩信在得知秦王的计谋后,攀上太平树发射信号,终于联络上了巨子。
巨子安排韩信传令给其他城中的弟子,让他们离开商社,隐入市井,然后带领咸阳周围的弟子一同回到了终南别馆。
巨子几次运功,想用内力将毒素逼出,却都以失败告终。
巨子命小植将众弟子聚集在议事厅为盖聂正名,得知真相的众人纷纷向盖聂赔罪。
月儿分析了最近发生的事情,推测商社被剿的事情与天明有关。为了不影响对天明的治疗,月儿叮嘱少羽不要告诉他。