共58集
战国末期,荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托,护送荆轲之子荆天明躲避秦王追杀。在秦国边境残月谷,盖聂一人击退三百秦国铁骑,秦王震怒,命丞相李斯务必铲除两人。李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄,卫庄剑术超群却始终居于盖聂之下,为夺得天下第一剑的名号,卫庄答应了李斯的要求,殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。原来天明在出生之时,身上便被阴阳家偷偷种下“乾元玉煞”,“乾元玉煞”关系到一个巨大阴谋。逃亡路上,盖聂与天明结识了墨家众高手,以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月,一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。机关城隐匿于绝岭雄峰之间,集结了墨家深厚的智慧,是天下所有反秦势力最后的堡垒,它也是墨家弟子最后的避难所。面对固若金汤的墨家机关城,赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨,继而又用权力诱惑卫庄,让他相信只要胡亥登基,卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权利与地位。为了攻破机关城,秦王派出庞大的精锐之师,卫庄找到了公输家族的掌门公输仇,公输仇与墨家世代为仇,机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动,一时间,机关城内杀机迭起、暗流涌动。
岸上的卫兵点燃了火炬,大司命下的毒药起作用,卫兵全部倒地。
祭坛上,所有施法者割破手掌,将血投入阵中。赵高发觉阵法有异,催动体内的力量,想让血祭成功进行下去,大司命拼尽全力与赵高的灵力对抗。作法结束,天明晕倒在一旁,四周施法的人全部被反噬而死。见到大司命嘲讽的表情,赵高掐住月儿的脖子,想要杀了她,大司命出手阻拦,被赵高重击,倒在一旁。素影拼命的划船,终于赶在赵高再次动手的时候挡住了月儿,愤怒的赵高将素影杀死。天明和月儿利用玉煞和玉珪融合在一起产生的巨大力量,合力将赵高击入湖中。
素影已死,大司命用尽最后一丝力气,告诉天明岸上的烟雾有毒,嘱咐他们吃下自己给的解药。交代完事情,终于可以去见少司命的大司命,含笑离开了人世。
将素影和大司命安葬后,想到所有人都是为自己而死,月儿十分自责。天明开导月儿,都是因赵高的贪得无厌,才导致了今天的结局,乱世之中所有人都身不由己。天明体内的玉煞之力已经完全消失,月儿询问他是否觉得可惜,想起第一次失去玉煞之力时盖聂对自己说过的话,天明告诉月儿,现在的自己只有如释重负的感觉。
赵高虽身受重伤,却捡了一条性命,现在的他行事更加谨慎。月儿将发生在阴阳家的事情写信告诉了盖聂和蓉儿,询问接下来在咸阳该如何行事。盖聂去找沛公(刘季)商议,让天明在咸阳城制造恐慌、扰乱民心,再让己方部队加快行军,早日扣关,与天明里应外合。
接到盖聂的回信,天明在咸阳城四处散播刘邦军队即将攻破武关的消息,导致城内百姓大批的逃出咸阳。赵高传命关闭城门、死守武关。
胡亥在望夷宫斗鸡玩乐,天明偷偷潜入,用匕首逼胡亥认清赵高欺骗他,想要成为万人之上的事实,劝他开城投降,再杀掉赵高。胡亥说天明是刺客,拒绝相信他。天明走后,胡亥回想他的话,疑虑越来越重。
赵高的亲信建议他献出胡亥,与刘邦军议和。正在此时,手下汇报胡亥召赵高议事,赵高担心发生变故,命亲信带人一同前往。
胡亥与赵高回忆起过往的种种,用匕首逼问赵高有没有骗过他,章邯是否已经投降了。争执中,胡亥被赵高失手捅死。赵高出了宫殿,暗示亲信胡亥是被叛军所杀,又命其妥善处理后事。
天明再次潜入望夷宫,却见到蒙面刺客正在大肆屠杀宫人,又见到蒙面人将匕首塞入已经死去的胡亥手中。
在赵高的安排下,众大臣在早朝上得知了胡亥自戕的消息。安排完丧事后,赵高来到了大殿之上,几次抬脚想要登上王座,却又退了回来。亲信说只要赵高想称王,朝中自然无人敢反对。赵高说现在这个局势,就算自己坐上去,也已经没有意义了。赵高后悔杀掉胡亥,失去了议和的最后筹码,亲信提示他,可以利用傻子子婴。
天明来到公子府找子婴,被管家拦在了门外,只得翻墙进入。天明进了屋子,见到了疯疯傻傻的子婴,告诉他胡亥已死,沛公马上就要打进武关,扶苏的大仇很快就可以得报,劝他跟自己回墨家。